El jueves 8 de diciembre de 2016, Mario Salas entraba para siempre en la historia de la Universidad Católica. Su equipo, liderado por Cristián Álvarez, se consagraba campeón del Torneo de Apertura 2016-2017 y conseguía el primer bicampeonato para el elenco de la franja.
El trabajo del Comandante sólo cosechaba los elogios entre los siempre críticos hinchas de la UC .
A Salas, quien fuera elegido como el mejor director técnico de 2016, se le vinieron desafíos importantes. La Copa Libertadores 2017 fue la gran prueba para un cuadro que sufrió la partida de su goleador, Nicolás Castillo.
El 17 de mayo se produjo el primer gran revés para los cruzados, fue en el torneo continental, donde no pudieron pasar la zona de grupos al caer por 2 a 3 en San Carlos de Apoquindo frente al Atlético Paranaense. La derrota ante los brasileños los ubicó últimos en un grupo que además integraban Flamengo y San Lorenzo de Almagro, y les impidió acceder incluso a la Copa Sudamericana.
Luego del fracaso internacional, las críticas se instalaron en la precordillera y el entrenador nunca más volvió a gozar de la admiración que meses antes le manifestaron los seguidores del club de Las Condes.
El 23 de julio llegó el momento para que la UC pusiera a prueba a nivel local los pergaminos que le permitieron jugar la Supercopa ante Colo Colo. Pese al buen juego inicial del cuadro cruzado, los albos de Pablo Guede se impusieron con claridad, goleándolos por 4 a 1 y desatando nuevamente fuertes críticas a Salas, quien seguía perdiendo parte del capital alcanzado en diciembre de 2016.
La final perdida llenó de inseguridad al equipo que ya no contaba con Ricardo Noir , Enzo Kalinski, Guillermo Maripán y Alfonso Parot. Todos ellos fueron piezas clave en la obtención del histórico bicampeonato. Salas no encontró en los reemplazantes el rendimiento que le permitiera prolongar el éxito de la temporada anterior.
Sin duda, octubre fue el mes que marca definitivamente el divorcio entre en el Comandante y la hinchada de la Católica. El domingo 1 los cruzados recibieron a Colo Colo. Los albos peleando la punta y el local intentando reencantar a los suyos. Al final, un gol de Óscar Opazo les permitió a los albos instalarse en la cima, mientras que los de Salas se hundieron en la cada vez más acentuada impotencia, impotencia que tendría su momento más alto el 29 de octubre. En el Estadio Nacional, la UC visitaba a la Universidad de Chile de Ángel Hoyos. El trabajo en cancha de los cruzados fue superior los 90 minutos, no obstante, la impericia de sus jugadores impidió que los cruzados pudiesen remontar el solitario gol de David Pizarro que determinó el triunfo azul.
A Salas se le acababa el crédito, las críticas aumentaban. El bicampeonato quedaba atrás, también la gratitud. El 4 de noviembre se produjo el quiebre total. En San Carlos de Aponquindo, San Luis de Quillota lo venció por 0 a 2, y la hinchada explotó pidiendo la salida del DT.
Las explicaciones del Comandante no convencían, el reiterado discurso de Salas sólo aumentaba el rechazo de los mismos que 11 meses atrás lo señalaban como el verdadero revolucionario del fútbol cruzado.
Finalmente, la derrota del sábado ante O'Higgins, en Rancagua, determinó que la Católica se hundiera en el penúltimo lugar de la tabla del Transición; de paso, pondrá fin al ciclo del Comandante. Cruzados ya le busca el reemplazante al entrenador con el que conquistó su único bicampeonato.