Cuando Andrés Manuel López Obrador era alcalde de Ciudad de México, sobre una mesa de su oficina lucía tres objetos muy preciados: una escultura de madera indígena, una foto de Salvador Allende y otra imagen con el subcomandante Marcos. La prensa registra al menos dos encuentros entre AMLO y el líder zapatista, uno en 1994 y otro en 1996. Sin embargo, pese a esta aparente cercanía, la relación entre ambos está quebrada.
"Podrán cambiar de capataz, los mayordomos y caporales, pero el finquero sigue siendo el mismo (…) al menos la ilusión actual alivia esa historia de fracasos a la que luego se sumará la desilusión prevista". Con esas palabras los subcomandantes del Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN) Galeano (antes conocido como Marcos) y Moisés reaccionaron ante el triunfo de AMLO el 1 de julio. Si bien en el comunicado no hicieron mención al nombre del ganador, lo compararon con un partido de fútbol y añadieron: "La gran final tan esperada y temida concluyó y el equipo vencedor recibe, con falsa modestia, los clamores de los espectadores".
El EZLN había anunciado durante la campaña que no se sumarían a Morena, el movimiento de López Obrador. "No, nosotras, nosotros, zapatistas, NO nos sumamos a la campaña (…) por el bien de todos, primero los huesos", haciendo una referencia a uno de los lemas del tabasqueño: "Por el bien de todos, primero los pobres".
Los analistas concuerdan que la enemistad entre AMLO y los zapatistas comenzó en 2006, cuando los insurgentes llamaron a no participar de las elecciones. Por esa época, López Obrador los acusó de dividir el voto de la izquierda.
La prensa mexicana señala que Marcos siempre ha mantenido el mismo discurso sobre AMLO: que no es un hombre de izquierda, sino un neoliberal moderado, un enemigo de los indígenas y lo acusa de estar rodeado de colaboradores que de una u otra forma son responsables de la matanza de Acteal, ocurrida el 22 de diciembre de 1997, en la que 45 indígenas tzotziles fueron asesinados por paramilitares mientras rezaban en una iglesia.
Tres meses antes de las elecciones, López Obrador hizo un llamado a los zapatistas en un acto en San Cristóbal de las Casas: "Al EZLN le extiendo mi mano franca en señal de respeto y reconciliación". Sin embargo, volvió a reclamarles su intención de dividir el voto de la izquierda al presentar una candidata indígena. En una columna en el Heraldo de México se señala que las diferencias de López Obrador con el subcomandante Marcos "no sólo no se han desvanecido, sino que parecen recrudecer". "Como si las menciones de los pueblos indígenas que hizo AMLO en su discurso de cierre de campaña y luego el 1 de julio, en lugar de crear un lazo hubieran azuzado la verborrea del sub. La paradoja de la izquierda enfrentada a la izquierda alumbra un sino de infortunio, no para el gobierno entrante, más bien para el México que pretende un crecimiento en otra dirección".
