El comandante en jefe del Ejército, general Ricardo Martínez, ordenó una indagatoria interna para conocer los procesos históricos de la compra de pasajes, entre 1984 y agosto de 2018. El sumario se pidió el 20 de septiembre, siete días después que Griffiths declarara como inculpado.
En el informe "Investigación Especial, Sección Pasajes y Fletes del Ejército", el cual entregó sus resultados el 1 de octubre, y al cual tuvo acceso La Tercera, se señala que "sí procede reglamentariamente que el personal canjee su orden fiscal ante la agencia de viaje respectiva, determinando distintas rutas o itinerarios para llegar a su destino en comisión y eventualmente obtenga saldos a favor en dinero, que no son otra cosa que dineros de propiedad del comisionado".
En una de las observaciones hechas por el Ejército, se señala que podría haber "inquietudes" sobre estos procesos de compra de pasajes, manifestando que "resulta forzoso concluir que centenares de funcionarios designados en comisión de servicio al extranjero en el transcurso de 30 años hayan procedido bajo la convicción que su actuar se encontraba ajustado a derecho".
Son siete las conclusiones del informe, y en una de ellas se señala que "no se evidencia afectación del patrimonio fiscal en ambos periodos investigados". Sin embargo, esta y otra conclusión que hacía referencia a los cambios de la normal serán corregidas.
Así lo dispuso el mismo Ejército, el 5 de octubre, a través de un oficio reservado. El que valida el informe de auditoría, pero que pide las correcciones con un plazo de 15 días hábiles.
Dentro de la investigación realizada por el Ejército, sin embargo, se reconocieron "una serie de irregularidades desplegadas por la sección". Entre ellas se destaca que el personal no solicitaba el reembolso, sino que era la sección encargada, no cumpliendo con "las exigencias documentales para su procedencia", agregando que estas orientaciones fueron emitidas por la encargada de estos trámites, quien falleció.
Además, también sugieren algunos cambios de carácter interno, como integrar en la Sección Pasajes y Flete los perfiles de quiénes componen la unidad, delimitando sus tareas y responsabilidades. El Ejército declinó referirse al tema.
