Si en Chile un civil comete un delito, es investigado por el Ministerio Público y sus organismos auxiliares. En el caso de la Iglesia Católica, si un miembro comete un eventual delito, quien se encarga de la primera investigación es el superior de la diócesis o de la congregación religiosa.

En esa primera instancia, se toma conocimiento de la denuncia y se ordena una investigación previa o "eclesiástica", la que luego pasa a Roma si es que se considera que existe fundamento.

Según la experta en derecho canónico, Ana María Celis, en el caso de delitos más graves, como los de carácter sexual, a diferencia del derecho penal, "cuando los hechos recaen en menores de 18 años, la legislación canónica es más simple y se considera que por su especial gravedad deben ser conocidos por la Congregación para la Doctrina de la Fe". Es decir, pasan de inmediato al Vaticano.

En el "Protocolo ante denuncias contra clérigos por abuso de menores", de la Conferencia Episcopal de Chile, se señala que "si alguien tiene noticia acerca de un eventual delito contra el sexto mandamiento (abuso sexual) cometido por un clérigo contra un menor, se debe solicitar a quien lo conoce que realice la denuncia respectiva ante la autoridad eclesiástica".

La docente de Derecho Canónico de la U. de los Andes, Anastasía Assimakopulos, explica que la prescripción de delitos "corresponde solo si pasan 20 años contados desde que el menor cumple 18". Agrega que "aquello no exime al obispo de su deber de investigar, lo que no significa juzgar". Y que "a diferencia del ámbito estatal chileno, en el derecho canónico se puede levantar la prescripción e investigar la denuncia, procesar y sancionar al delincuente".

Así, la Congregación para la Doctrina de la Fe tiene la potestad de derogar la prescripción para casos singulares. Por ejemplo, si se trata de menores.

Respecto de los delitos que recaen en menores, la legislación especial de prescripción se modificó en 2010. Según Celis, "fue fundamental comprender que la naturaleza de estos delitos conlleva que no se denuncian por el proceso personal que va asociado". Añade que en este proceso, por ejemplo, es posible que " la víctima no sea capaz de identificar lo sucedido, por vergüenza o porque aún subsiste la influencia del agresor".