El 11 de septiembre de 1973 se produjo el bombardeo a La Moneda y el derrocamiento del gobierno de Salvador Allende. Durante esos días comenzaría la estadía del entonces teniente Juan Emilio Cheyre por La Serena. Y fue en ese mismo periodo que habrían ocurrido los hechos que lo tienen, hoy, como procesado en calidad de autor del delito de aplicación de tormentos.
La persona que se hizo cargo del Regimiento de Artillería Motorizado N°2 "Arica" de La Serena, donde se habrían producido las torturas, fue el coronel (r) Ariosto Lapostol Orrego. ¿Quién sería su segundo al mando? El auto de procesamiento informa que su ayudante era el teniente Cheyre. De hecho, tanto Cheyre como Lapostol son los únicos indicados como autores de tortura en esta causa. Son 24 los denunciantes, que señalan fueron torturados entre el 11 de septiembre y el 25 de noviembre de 1973.
Son una serie de testimonios acreditados en el procesamiento del magistrado Vicente Hormazábal a cargo de la causa, en los que se mencionan la presunta participación del entonces teniente Cheyre en la aplicación de tormentos en contra de los 24 denunciantes. En el auto procesamiento, hay cinco personas que mencionan directamente al excomandante en jefe con nombre y apellido, y relatan, lo que según ellos, ocurrió.
Nicolás Fuentes Rivera, en su testimonio en la causa, relató que "los policías me entregaron al servicio de guardia militar y me hicieron ingresar a una sala que está a un costado de la guardia, donde habían más prisioneros, todos arrodillados en el suelo mirando la pared, mientras que otros estaban con sus manos en la nuca. El lo personal quedé de rodillas con la mano en la nuca, cuando repentinamente veo la presencia del teniente Cheyre y al mirarlo éste me increpó (...) se cambió de lado y detectó nuevamente mi mirada, por esta razón ordenó a dos soldados conscriptos que me sacaran al patio interior, uno por cada lado, en ese momento el teniente Cheyre tomó un palo y comenzó a golpearme en las pantorrillas, parte posterior del muslo, glúteo y espalda".
Otra de las víctimas, Oscar Ruben Carvajal también menciona al militar como causante de golpes en su contra. "Al día siguiente nos sacaron de las celdas y nos llevaron al segundo piso del Regimiento, donde se encontraba la fiscalía militar, recuerdo que nos dejaron con la vista al muro (...) escucho los tacones de una persona subiendo la escalera, dirigiéndose directamente donde me encontraba , procedimiento (sic) en forma repentina y violenta a tomarme el pelo, por la nuca, y preguntarme fuertemente si era cubano, ante eso le respondí "No, soy chileno", reaccionando este militar con un golpe de puño muy fuerte en mi estómago, para seguir su camino hacia su oficina (...) esto lo comenté una vez que llegué a la cárcel, enterándome días después que correspondía al Teniente Cheyre".
Nibaldo Pastén Vega también menciona al exgeneral como uno de los efectivos que lo golpeó durante su paso por el Regimiento Arica. "Veníamos atados de las manos desde Ovalle , pero al llegar al Regimiento nos desataron. En ese momento una persona pregunta por mí (...) recibo un golpe con su arma en la boca, un culatazo (...) debido al golpe quedé sangrando de los dientes, pues me sacó dos dientes delanteros, pero tenía que seguir parado. Supe posteriormente que esa persona que me pegó el culatazo era Cheyre".
Otro de los testimonios contra Cheyre que consta en la resolución del juez Hormazabal es la de Luis Ravanal Martínez: "Reconozco una voz, era la de Cheyre con quien había conversado el día anterior, él me dijo que me hincara, me dijo "híncate", y me doy cuenta que me apuntan con un arma en la cabeza, sentí que la arena del piso estaba húmeda, me imaginé que era sangre de mis amigos, simularon en ese momento una ejecución (...) me amarraron las manos a la espalda y me pusieron colgando de algo parecido a una viga, quedando suspendido en el aire con las manos en la espalda".
María Cecilia Marchant Rubilar declaró ante el magistrado que "todas las veces que me subieron al Regimiento estaba Cheyre presente, en la guardia, e incluso estuvo en los interrogatorios".
Luego de ser procesado por el ministro Hormazabal, Cheyre será trasladado hasta el Regimiento de Telecomunicaciones de Peñalolén donde permanecerá detenido.