El Ministerio de Educación informó que la Presidenta Michelle Bachelet, nombró como presidente de la Comisión Nacional de Acreditación el ingeniero Civil y académico de la Universidad Católica de Valparaíso, Alfonso Muga, quien desde el 2011 integra la CNA como comisionado de la institución.
Entre marzo de 1990 y marzo de 1994 ocupó el cargo de director de Educación Superior en el Mineduc. En dicho período le correspondió, entre otros roles y en representación del ministro de Educación, ser miembro del Consejo Superior de Educación de Chile y del Consejo Directivo del Fondef.
Ejerció como rector de la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso durante tres periodos, desde julio de 1998 a julio de 2010. Antes, entre 1994 y 1998 se desempeñó como vicerrector académico de la misma universidad.
Ha integrado, también, la Comisión de Estudios de la Educación Superior (1990), el Comité Técnico Asesor de Educación (1994) y el Consejo Asesor Presidencial para la Educación Superior (2007).
En materia de educación superior referida a América Latina, ha sido consultor en proyectos con financiamiento del PNUD, OEA, Fundación Ford, entre otros. También ha participado como consultor internacional para el Banco Mundial y la AGCI (Chile). Integró un grupo asesor internacional para colaborar en la puesta en marcha del Consejo Nacional de Evaluación y Acreditación Universitario (CONEAU) de Argentina, país en el que ha actuado como par evaluador del FOMEC y como consultor de varias universidades nacionales.
Muga fue integrante del Directorio de Universia Chile S.A., desde la instalación de ésta en el país. Desde mediados del año 2007 y hasta julio de 2010, fue vicepresidente ejecutivo (alterno) del Consejo de Rectores de las Universidades Chilenas (CRUCH). También le correspondió ser en dichos años presidente del Capítulo Chileno de Universidades Católicas.
A partir del 2010, ha participado como par evaluador en acreditaciones institucionales de universidades de Colombia, Panamá y Perú.