Carlos Muñoz regresa a Chile con el reconocido objetivo de recuperar el nivel que siente que perdió en su segundo semestre en Argentina. Pero al volver al país, además, se encontró con una situación que el vivió y lamentó cuando jugó por Colo Colo: las amenazas de los hinchas, las últimas, con rayados contra Aníbal Mosa.
En 2012, luego de que Muñoz declarara que los problemas entre la barra y los dirigentes podían afectar al plantel, un grupo de hinchas lo interceptó a una cuadra del Monumental para pedirle explicaciones. La situación salió en los medios y el delantero recibió después un llamado de Pancho Malo para amenazarlo con que un grupo le quería pegar, lo que el jugador denunció públicamente, recibiendo después un tibio apoyo, por lo menos públicamente, del cuerpo técnico, plantel y club.
Hoy, al ser consultado dijo que "lo de las amenazas es un tema que no acaba nunca. Pero se quedan en palabras, en este caso en rayados... Esa gente debe salir de una vez del fútbol. De a poco han ido saliendo de los estadios".
Sobre su situación futbolística Muñoz dijo que "vengo a Unión a tratar de revertir todo lo malo que fue mi segundo semestre en Argentina. Debo seguir mejorando. Vengo con todas las ganas de renacer y tratar de recuperar el nivel que tuve antes de irme al extranjero".