Waldo Ponce volvió a Universidad de Chile a mediados de 2012 con el objetivo de recuperarse de su lesión al tendón de Aquiles ocurrida en noviembre de 2011 y para tener un buen cierre de carrera en el elenco en el que debutó en el año 2000.
Sin embargo, nada de esto se le ha podido dar de buena forma al de Los Andes, que solamente ha podido jugar dos partidos en dos años y medio. 45 minutos ante Santiago Morning en septiembre de 2012 y 61 minutos en agosto de 2014 frente a Magallanes, ambos en partidos de Copa Chile.
Ponce termina su vínculo contractual con la U en junio de 2015, plazo definitivo para decidir si continuará con su carrera. Su último partido ante Magallanes parecía ser el inicio de una etapa donde podría tener más regularidad, pero sus constantes descompensaciones físicas le han hecho perder terreno en el equipo de Martín Lasarte.
De hecho, el uruguayo es uno de los grandes motivadores para que Ponce continúe luchando contra su físico, arengándolo para que no desista de intentar retomar ritmo futbolísitico, siendo considerado como una pieza importante del plantel campeón del fútbol chileno.
El zaguero se niega a bajar los brazos, pese a que la chance de jugar todavía parece lejana. "Cuesta levantarse todos los días a entrenar cuando no tienes claro si vas a volver a jugar", reconoció hace un tiempo el defensor. Habrá que ver si finalmente los fantasmas dejan de acecharlo y de una vez por todas puede pelear un lugar en el equipo. Lasarte y sus compañeros serían los más felices.
Precisamente, el capitán de los azules, José Rojas, se refirió a la recuperación de su colega en defensa: "Me pone feliz cómo está entrenando Waldo. Está casi a la par y eso nos pone muy contentos. Le deseo lo mejor y ojalá se pueda recuperar lo más pronto posible. Es un jugador de trayectoria, y por sobretodo tiene muchos deseos de volver a jugar; lo muestra todos los días". "Su sueño es estar nuevamente dentro de una cancha", finalizó.