La historia de San Marcos de Arica, a través de los últimos 27 años, ha estado plagada de momentos oscuros, esos que los hinchas que hoy celebran el ascenso a Primera División no quieren recordar, y que les ha llevado desde la casi desaparición a incluso jugar en otro país.
Luego de descender en el campeonato nacional de 1985, el ese entonces Deportes Arica dio inicio a un camino que lo tuvo de manera permanente en Primera B, con diversos resultados, hasta que en el año 2005, estos mismos dieron pie a la pérdida de la categoría, en específico la Tercera División.
Sin embargo, lo complejo no fue solamente el salir del profesionalismo, ya que en esa temporada la división amateur del fútbol chileno solo comprendía los equipos entre la Cuarta y la Décima Región, con lo que inevitablemente tendrían que desaparecer... o jugar en otra liga.
Justamente, a mediados del 2005, y previendo un desenlace desastroso, un grupo de dirigentes viajó a Tacna con un solo objetivo: ingresar a la Liga Peruana de Fútbol, por la cercanía con la ciudad incaica y con sus posibles rivales, como Arequipa.
Sin embargo, los mismos dirigentes desestimaron esta opción y, a cambio, iniciaron una "cruzada" que culminó en la creación de la Zona Norte de la Tercera División, donde estaría el ahora rebautizado "Club Deportivo San Marcos de Arica" junto a otros ocho clubes.
Creada la división, y con San Marcos nuevamente insertado en el fútbol chileno, la siguiente misión era ascender a Primera B, es decir, volver al profesionalismo.
Una primera chance perdida ante Hossana destruyó la ilusión el 2006, pero al año siguiente, ante Colchagua, el "santo" dejaba la división amateur para capturar el cupo en el Ascenso nacional.
Pero antes del partido contra Concepción tendría una primera chance de subir, a fines de 2009, enfrentando a Palestino, elenco que permanecería en la "A" tras derrotar a los ariqueños por penales (0-2 en Santiago, 2-0 en Arica), quienes eran dirigidos por Hernán "Clavito" Godoy.
Tras esto, pasaron varios campeonatos con altibajos, hasta que llegó el tan ansiado 2012, año que marcaría a fuego el retorno a Primera División.
Con un rendimiento notable que le permitió campeonar en el Apertura, el elenco ahora dirigido por Luis Marcoleta (experto en ascensos con Ñublense y Curicó) pudo mantener el tranco hasta el final y así, pese a ciertas dudas en los últimos compromisos, ganarle a Concepción por 2-1.
Así, San Marcos de Arica firmó 27 años en los que pasó del amateurismo a la máxima categoría, dejando atrás los problemas que incluso hicieron dudar de su existencia.
