En julio de 2014, Gustavo Canales regresó a Universidad de Chile para vivir lo que en ese momento esperaba como un segundo ciclo exitoso con los azules. Pero no pudo. Pese a sus esfuerzos y los del cuerpo médico, los problemas físicos no le permitieron cumplir con sus expectativas ni las del club que hoy dejó.
El 5 de octubre de 2014, Canales estaba feliz por haber recibido una nueva nominación a la selección chilena. Pero ese día se lesiona el hombro en el partido con Arica. El siguiente duelo era ante Colo Colo, y en la previa el atacante suma un esguince de tobillo. Pese a esa lesión juega igual, pero se nota que está disminuido y no es un aporte.
Y comenzaron los problemas que nunca terminaron. El pie izquierdo no lo dejó tranquilo, con un edema óseo y constantes inflamaciones en los tendones y en las articulaciones que rodean la zona afectada.
Así, le costaba mantener regularidad en el equipo. Su última racha de continuidad fue entre julio y octubre de 2015, con 17 partidos seguidos entre Apertura y Copa Chile. Después estuvo ausente en 12 encuentros consecutivos.
Los números del segundo ciclo azul de Canales:
Apertura 2014
PJ: 15
Goles: 9
Libertadores 2015
PJ: 5
Goles: 2
Clausura 2015
PJ: 10
Goles: 9
Apertura 2015
PJ: 8
Goles: 6
C. Chile 2015
PJ: 8
Goles: 6
Supercopa 2015
PJ: 1
Goles: 0
Clausura 2016
PJ: 9
Goles: 3
Libertadores 2016
PJ: 2
Goles: 0
