A poco más de tres años de ocurrido el ataque, el Ministerio Público reabrió las pesquisas para lograr la detención de la persona que el 10 de septiembre de 2006, en medio de una marcha que transitaba por calle Morandé, lanzó una bomba molotov contra el Palacio de La Moneda.
El atentado causó gran impacto, debido a que la imagen de la sede del Ejecutivo en llamas evocaba el golpe militar de 1973. Desde ese entonces las marchas por las calles aledañas al palacio están absolutamente prohibidas.
El caso actualmente es tramitado por el fiscal Francisco Jacir, a cargo de la indagatoria por la seguidilla de atentados con bombas que han ocurrido en los últimos años en Santiago y que han afectado a sucursales bancarias.
La razón para reactivar las diligencias surgió hace menos de un mes en la indagatoria por los atentados. Se trata de una grabación telefónica entre miembros de grupos anarquistas que comentan el ataque a La Moneda ocurrido el 2006 y se jactan de que el autor, de quien entregan antecedentes, hasta ahora no ha sido identificado por los investigadores.
En el diálogo, los sujetos también conversan respecto del ataque que afectó a la Brigada de Homicidio (BH) en Santiago, el pasado 2 de septiembre. En forma paralela, entregan datos sobre el sujeto que cometió el ataque a la sede de gobierno. Se trataría de un hombre mayor de 25 años, perteneciente a un grupo anarquista y con antecedentes policiales por desórdenes.
Sobre la base de esta información la fiscalía encargó una serie de diligencias para confirmar los datos respecto del autor.
Luego del atentado que sufrió La Moneda, varios grupos radicales comenzaron a ser investigados. Entre éstos, cinco jóvenes pertenecientes a una casa okupa del centro de Santiago, entre quienes figuraba un ciudadano español. Finalmente se descartó su participación. También fueron investigados por este caso Gustavo Fuentes Aliaga y Rodrigo Camargo, quienes fueron detenidos con bombas molotov también en septiembre de 2006.