En junio de 2012 la comisión parlamentaria que investigaba el financiamiento de los planteles de educación superior interpuso una denuncia ante el entonces fiscal nacional, Sabas Chahuán.

Los diputados advirtieron diferentes situaciones en siete universidad que, a juicio de ellos, merecían ser indagadas penalmente. El Ministerio Público designó el caso al fiscal de Alta Complejidad Oriente Carlos Gajardo.

Así, se comenzó una investigación que con el correr del tiempo tuvo en la mira a 12 casas de estudio, que eran indagadas por supuestos delitos tributarios.

Tras una serie de peritajes, un informe de la PDI acreditó ciertos traspasos "de dinero de las universidades a sus empresas inmobiliarias".

A pesar de esto, los investigadores no pudieron seguir adelante con las pesquisas, dado que el lucro no está tipificado como delito en la legislación chilena.

Es por ello que el Ministerio Público comenzó a paralizar y archivar estos casos. El primero fue el que indagaba a la Universidad Autónoma, en 2015, a través del archivo provisional de la causa. Entre abril y octubre de este año, en tanto, se cerraron el resto de la investigaciones.

A estas 12 causas se sumó también la que llevó adelante la Fiscalía Regional de Valparaíso, la que indagó por presuntos delitos tributarios que habrían cometido los ex controladores de la Universidad del Mar, Mauricio Villaseñor, Sergio Vera y Héctor Zúñiga (ver entrevista).

El abogado querellante en el caso, Mauricio Daza, señaló que "esta causa demuestra la necesidad imperiosa de legislar, estableciendo una norma que castigue expresamente a quienes operen casas de estudios como fachadas para obtener fraudulentamente recursos que de otra forma no podrían conseguir, y después desviarlos a sus patrimonios personales".

En tanto, el abogado de Héctor Zúñiga, Juan Carlos Manríquez, aseguró que "en estricto derecho (este caso) debió desestimarse mucho antes. Imagine lo terrible que hubiera sido que alguna persona hubiere terminado condenada por un hecho que la ley no describe como delito. Hubiera sido un retroceso de 300 años del derecho penal liberal y clásico y un atentado al principio de legalidad".