Con una importante victoria comenzó el Bayer Leverkusen su participación en la Copa de Alemania, competencia en la cual quedó fuera en primera instancia en la temporada pasada y que terminó ganando el Borussia Dortmund.
El rival del equipo de Junior Fernandes fue el modesto Carl Zeiss Jena, de la Tercera División del futbol germano, y el chileno fue protagonista del encuentro al anotar el cuarto gol de su equipo en el minuto 90 del partido
Lo anterior, a pesar de que el chileno había ingresado hace cinco minutos. Así las cosas, el ex Universidad de Chile cerró la contundente goleada del ex equipo de Arturo Vidal.
El desarrollo del partido fue de principio a fin para el equipo del ex goleador de la "U", ya que desde los tres minutos ya estaban en ventaja con un gol de Rolfes, para después aumentar la ventaja a los 15' por intermedio de Bellarabi.
La segunda etapa fue un poco más tranquila, especialmente por que el dominio del Bayer Leverkusen era total y comenzaron a jugar con el resultado a su favor. La goleada se cerró en los últimos 10 minutos con goles de Kiessling a los 81' y del atacante nacional a los 90'.
De esta forma Junior Fernandes comienza con pie derecho su participación oficial con la camiseta de su nuevo equipo, y marca su primer gol oficial en el fútbol de Alemania, donde el ex Cobreloa busca hacerse un nombre, tal cual lo hizo en su momento Arturo Vidal, actualmente en la Juventus.
