No fueron sólo los agentes nazis los que centraron la atención de los detectives del Departamento 50 de la PDI. La eventual infiltración de otra potencia del Eje, Japón, también se convirtió en una amenaza que era necesario vigilar. Las sospechas se intensificaron tras el ataque a la base naval de Pearl Harbor, en diciembre de 1941. Esta acción militar demostró a América Latina que nadie estaba a salva de las aspiraciones imperialistas de los asiáticos.

Estos antecedentes se encuentran en el libro inédito "La PDI contra los nazis", elaborado por la policía civil con los documentos desclasidicados del Departamento 50. El texto señala que "por la investigación que el D-50 llevaba en contra de los nazis se sabía que había agentes de inteligencia japoneses en el país y que además estaban en contacto con sus congéneres alemanes. De hecho, se tenía conocimiento de que había unos 500 japoneses en Chile, el 20% de ellos arribados en los últimos tres años y aparentemente dedicados al comercio, aunque "no justifican los capitales que poseen ni la intensa actividad que despliegan" .

Los documentos desclasificados también indicaban que "las numerosas vigilancias que se están efectuando permiten asegurar que por parte de los japoneses existe también una organización semejante a la alemana, destinada a cultivar los sentimientos expansionistas". Así lo estimaba el D-50, que estaba especialmente preocupado por la presencia de presuntos espías nipones en instalaciones estratégicas, como puertos y minerales.

Pasados algunos meses del ataque a Pearl Harbor, en Chile cada vez había más temor de un posible ataque japonés. "Fue en ese contexto que el 09 de marzo de 1942 la Prefectura de Antofagasta informó a Santiago que en total sigilo habían arribado a ese puerto, a bordo del buque madre de submarinos Araucano, 80 integrantes de la artillería de costa "con la misión de instalar cañones antiaéreos para la defensa de esa playa" , indica el libro de la PDI, que añade que "los detectives no tenían cómo saber que ello era, al parecer, el preludio de una operación de defensa de marca mayor, pues el 16 de marzo llegaron a esa ciudad el crucero estadounidense "Concord" y el transporte "Etolin", de la misma nacionalidad, los que transportaban abundante material de guerra".

Días después, un nuevo buque norteamericano arribó a Chile para entregar nuevo armamento. Transcurrido un breve período, los oficiales del Departamento 50 cumplieron una misión de la cual casi no quedó constancia, salvo la mención en un documento respecto de una operación efectuada en Bolivia, "cuyo resultado fue considerado satisfactorio" .