Entre el 17 de agosto de 2005, en un amistoso ante Perú en Tacna, y el 15 de enero de 2013, para el ensayo ante Senegal en La Serena, Johnny Herrera estuvo ausente de la selección chilena. El hecho de que uno de los arqueros más sobresalientes del medio nacional haya disputado solo 10 cotejos por el combinado adulto, en el que debutó en abril de 2002 ante Turquía, tiene varios motivos.

El meta que nació en Universidad de Chile fue constantemente nominado por Nelson Acosta, aunque su debut por la Roja mayor se dio en un interinato por César Vaccia. El famoso partido ante la selección de Colombia en 2005, en el que el DT uruguayo se inclinó por Claudio Bravo en desmedro del angolino, fue un golpe duro para un meta que tenía más años de experiencia en primera división que el actual portero de Barcelona.

Su partida a Corinthians en 2006, donde prácticamente no tuvo continuidad, le quitó espacio en las nóminas de Acosta, quien para la Copa América de 2007, cuando Herrera ya estaba en Everton, se inclinó por Nicolás Peric y Fernando Hurtado como relevos de un Bravo que ya se consolidaba como titularísimo de la Roja.

NI BIELSA NI BORGHI LO CONSIDERARON 

En su retorno al fútbol chileno Herrera retomó el buen nivel que había mostrado en la U, y que lo replicó tanto en Everton, donde fue campeón en 2008, como en Audax Italiano entre 2009 y 2010. Sin embargo, Marcelo Bielsa nunca lo convocó, y prefirió darle cabida a Miguel Pinto y a Luis Marín para el Mundial de Sudáfrica 2010.

"Siempre observo lo que hago yo y los demás con quienes podría pelear un puesto, y me cuesta entender. Es más, cuando juegas en contra es cuando más claro tienes las opciones que estás barajando de llegar a la selección, y ahí es cuando más te cuestionas. Da lata no estar ahí", confesó el guardameta en 2009.

Su retorno a Universidad de Chile en 2011, año en el que ganó dos títulos nacionales y la Copa Sudamericana, expuso  aún más la posiblidad de retornar a la Roja. Ese año llegó Claudio Borghi a la Roja, quien tampoco decidió considerarlo en sus cerca de dos temporadas de proceso. "Yo no tengo nada contra Johnny Herrera, pero mientras el medio más presiona, menos favor le hacen. Herrera no está porque no es del gusto del entrenador".

Herrera criticó al Bichi con frases como "el hombre es muy ligado a Colo Colo y lo continúa demostrando, no sé si justificadamente o no pero esa es su forma, y que le vamos hacer, hay que respetar". En 2011 también aseveró que "para mí la Selección es la Universidad de Chile"  y tras el Bautizazo ironizó con una frase inolvidable. "Qué bueno que Borghi se sacó los bistecs de los ojos y llamó a muchos jugadores de la U".

En 2012 declaró que "ya pasó la calentura por la Roja. La selección es como cuando te gusta la mejor mina del barrio y que todo el mundo quiere, pero la conoces como es, te desencanta, y ya no te gusta más".

Con la llegada de Jorge Sampaoli al Equipo de Todos, Herrera ha sido un habitual en las nóminas tanto a nivel local como para las fechas FIFA. Entre 2013 y 2014, el ídolo azul ha jugado 8 cotejos por Chile, y si bien tiene un papel importante como segundo arquero y en el plantel, el hecho de ser el suplente de Bravo provoca su mayor cercanía con su club que con la escuadra nacional.