Título en duda: en un principio hubo dudas respecto del nombre de la teleserie, porque se consideró que tal vez no sería bueno titular con una pregunta que tenía respuesta a mitad de la teleserie. De hecho, el nombre tentativo con el que se trabajó era solamente Elisa.
Más protagonismo: el personaje que más "sorprendió", cuenta Nona Fernández, una de las guionistas de la historia, fue Consuelo (Paola Volpato). Al principio sólo la tenían contemplada como la hermana de Raimundo (Francisco Melo), que tendría carácter fuerte y cierta rivalidad con su hermano. Pero finalmente el personaje cambió, tomando mayor protagonismo y ganando una buena cuota de maldad.
Balazos y caída libre: una de las escenas más complejas de filmar fue la persecución y balacera entre los detectives y el primer sospechoso del secuestro, que se lanza desde el sexto piso de un edificio. Juan Pablo Aliaga, encargado de los efectos especiales, cuenta que él mismo probó el sistema varias veces antes de darle el vamos a la acrobacia, que se basaba en un sistema de cables. El "valiente" que se tiró en caída libre fue Claudio López de Lérida, el director de segunda unidad. Además, para la persecución se usó un tipo especial de salvas y un auto modificado. La secuencia demoró dos días en grabarse.
Evasión: El señor de la Querencia y Alguien te mira tuvieron polémica y críticas por sus contenidos, pero ¿Dónde está Elisa? no ha corrido la misma suerte, a pesar de tocar temas delicados. Parte de la razón es la estrategia comunicacional de la estación pública, que apostó a desviar la atención de los asuntos complejos poniendo acento en otros aspectos de la historia cuando se acercaba un giro dramático problemático.
Comienzo cambiado: cuando se comenzó a escribir, sólo había dos cosas definidas: que Elisa se perdía al principio y que se sabría qué había pasado con ella en la mitad de la teleserie. Todo el resto se decidió durante la escritura. Uno de los cambios que sufrió es que al principio Elisa se iba de viaje con su papá a California.
Búsqueda de inspiración: César Caillet debió recurrir a muchas opciones antes de encontrar un referente para su personaje, Javier. En el camino quedaron la serie Queer as folk y libros de Pedro Lemebel y Jaime Bayly. Finalmente, se basó en "Diego" de La razón de los amantes, de Pablo Simonetti.
Compañero fiel: al principio Alvaro Rudolphy tuvo problemas para entenderse con su perro, porque sólo respondía instrucciones en inglés y el actor no sabe el idioma. Pero finalmente se compenetraron tanto que en una escena en que Raimundo encara al comisario Rivas en su casa, el animal intentó atacar a Francisco Melo para defender a su "amo".
Temblores y peinados: el particular peinado de la fiscal fue idea de Patricia López, pero tomaba tanto tiempo que muchas veces debieron ponerle extensiones y una versión sencilla para alcanzar a grabar a tiempo. Además, el elenco sufrió una ola de temblores en diciembre. Por esos días grababan en la playa, y todos se reunían en la sala de maquillaje a pasar el susto.
Cábala: Nona Fernández cuenta que después de escribir la muerte de Elisa, el equipo de guionistas salió a comer. Es la tradición nacida en Alguien te mira, cuando salían a brindar cada vez que alguien moría. Aquí celebraban cada vez que había un giro en la historia.
Vueltas de guión: uno de los giros que surgieron luego de varias vueltas fue la escena en que Bruno (Francisco Reyes) lleva a Consuelo a la cabaña, para probarle que tiene a Elisa, pero la encuentran vacía. Al principio, sólo sabían que la llevaba, pero no qué pasaba. Finalmente optaron porque no la encontraran para abrir interrogantes en la historia.
