El espíritu de superioridad que caracteriza, a veces de manera excesiva, desde hace algunos años a los gobiernos y al Ejército de Israel, escaseaba en los primeros días de junio de 1967. Se temía que la existencia del país podía estar en peligro. Así queda reflejado en los documentos recién desclasificados por el Archivo de Israel, que incluyen las discusiones que se sucedieron al interior del gabinete de seguridad antes, durante y después de la llamada Guerra de los Seis Días, que enfrentó a Israel con Egipto, Jordania, Siria e Irak, que modificó profundamente el mapa de Medio Oriente, y de la cual ahora se cumplen 50 años.
El Estado judío tenía apenas 18 años de vida y volvía a enfrentar los movimientos del gobernante egipcio Gamal Abdel Nasser, quien en los últimos días había elevado la temperatura de la región al militarizar su frontera con Israel y bloquear los estrechos de Tirán, impidiendo el paso de las naves israelíes hacia el puerto de Eilat. No se sabía si solo era una fanfarronada del campeón del panarabismo o una amenaza real.
El día 2 de enero, según consta en uno de las 15.000 páginas de documentos hechos públicos, el entonces jefe del Estado Mayor del Ejército israelí, el general Isaac Rabin (quien después sería primer ministro y sería asesinado por un extremista judío en 1995) hizo un descarnado diagnóstico de la situación. Proponía lanzar un ataque preventivo contra Egipto. "En caso contrario, la existencia de Israel estará en peligro y podrá enfrentar una guerra difícil, dolorosa y con muchas víctimas", sostuvo.
El primer ministro Levi Eshkol -quien había sucedido a David Ben Gurion en 1963 y que moriría en el cargo en 1969, víctima de un infarto- le dijo al resto del gabinete que tenía miedo de "una verdadera masacre", y el ministro de Defensa, Moshe Dayan -conocido tanto por su pasado guerrero como por su parche en el ojo izquierdo- advirtió que "hay un límite en nuestra capacidad para derrotar a los árabes". Pese a estas reticencias, el gobierno dio luz verde para ir a la guerra.
En la mañana del 5 de junio de 1967, la Fuerza Aérea israelí atacó por sorpresa a la aviación egipcia que tenía su poder de fuego en tierra y no alcanzó a despegar. Luego las fuerzas terrestres israelíes lograron derrotar a los carros de combate enemigos en la Península del Sinaí. En vista de los pactos previos, el Rey Hussein de Jordania abrió fuego de artillería contra Jerusalén Occidental, controlado por los israelíes desde 1948.
Al día siguiente, el éxito de la primera jornada de guerra diluyó los temores iniciales y reinaba tal optimismo que Dayan ya aseguraba que "es posible ocupar toda Cisjordania (entonces parte del territorio jordano), llegar a Shram el Sheij (en el extremo sur del Sinaí). También es posible llegar al (río) Litani en Líbano. Tal vez más que eso", y si los judíos de la capital libanesa se ven amenazados "estaremos en Beirut dentro de unas horas". Unas frases que mostraban la alegría que embargaba al ministro de Defensa, pese a que Líbano no entró de lleno en esa contienda. En tanto, el ministro de Trabajo Yigar Alon ya proponía anexar a Israel la Ciudad Vieja de Jerusalén, cuando aun no se controlaba.
Fue el 7 de junio cuando los soldados israelíes entraron en Jerusalén Oriental, en la Ciudad Vieja, llegaron hasta el Muro Occidental y controlaron el Monte del Templo o la Explanada de las Mezquitas y toda Cisjordania, es decir, todo el territorio hasta ese momento jordano situado al oeste del río Jordán. En los días siguientes, hasta el 10, los esfuerzos se trasladaron al norte, al frente sirio, tras lo cual Israel ocupó los Altos del Golán.
Tras el fin de la guerra, que dejó menos de mil bajas para el bando israelí, pero más de 20.000 muertos entre los árabes, la euforia llevó a sostener al canciller de Israel, Abba Eban, el día 14 que "en la historia de la humanidad no ha habido ningún éxito como el que Israel acaba de experimentar. Israel se expande y el mundo aplaude". Pero un día después en forma más reposada, el mismo Eban sostenía que estaban sentados sobre un "barril de pólvora", en referencia a la situación que quedaba en sus manos con los territorios ocupados de Cisjordania y la Franja de Gaza.
De esta forma en los documentos comienzan a aparecer las discusiones sobre qué hacer con los palestinos. Eshkol, ya con un tono arrogante, dijo que "si fuera por nosotros, enviaríamos a todos los árabes a Brasil", ante lo que el ministro de Justicia, Yaakov Shimshon Shapira le rebatió: "Ellos son habitantes de esta tierra, y hoy usted está gobernando sobre ellos. No hay razón para tomar a los árabes que nacieron aquí y transferirlos a Irak".
El ministro sin cartera Menajem Begin y líder de la derecha israelí (y quien llegaría a ser primer ministro en 1977) planteó otorgarles la condición de residentes a los árabes de Cisjordania, pero sin derecho a voto durante siete años, y como contrapartida propuso aumentar la inmigración a Israel y la natalidad judía.