El paso de Jorge Burgos por el Ministerio del Interior fue intenso, y no estuvo exento de tensiones que terminaron con su renuncia al cargo aludiendo a un "cansancio físico", que políticamente estuvo rodeado de varios hechos que marcaron los 13 meses de su gestión como jefe de gabinete.

Sin duda uno de los momentos más complejos como titular del Interior fue la visita de la Presidenta Michelle Bachelet a la Región de La Araucanía el 29 diciembre de 2015, viaje que se realizó en el más estricto sigilo por parte de Presidencia y sin comunicar dicha decisión al jefe del gabinete. El hecho produjo una evidente molestia en el ministro, llevándolo a presentar su renuncia a la Mandataria, la que finalmente fue rechazada. Tras esto, Burgos indicó que "ella (Bachelet) después de escucharme coincidió en que más allá de que puede no haber habido ninguna intención de dañar mi posición, sí coincidía en que la forma y modo en que se hizo no fue bueno ni para el gobierno, ni para la Presidenta ni para el ministro que habla, y que obviamente en el futuro no puede repetirse una cosa de esa naturaleza".

Otro momento que marcó su gestión en Interior fue el paro de los camioneros que reclamaban por las maquinarias quemadas en La Araucanía. Tras una tensa jornada en la que los trabajadores obstruyeron parcialmente varias rutas de acceso a Santiago, el 27 de agosto de 2015, Burgos cedió y permitió el paso de seis máquinas que pasaron por la Alameda, lo que fue generó un impasse con el subsecretario de la cartera, Mahmud Aleuy, que no participó de la reunión en La Moneda. Al respecto, señaló que "los costos políticos los asumo yo, las cosas buenas son de todos, (pero) los costos políticos de la decisión, aquí estoy, pecho a las balas".

Pero los inconvenientes no solo se presentaron al interior del Ejecutivo, Burgos también tuvo que enfrentar un duro traspié cuando el Senado rechazó al candidato a contralor, Enrique Rajevic, el que había sido propuesto por el entonces ministro a la Mandataria. Luego de la votación del 14 de octubre de 2015 donde la opción fue rechazada por 21 votos a favor, 12 en contra y 3 abstenciones, indicó que "me voy con una sensación amarga (...) Para mí es una frustración pero hay que seguir con la vida adelante", y calificó el hecho como "un golpe en lo personal y para el gobierno".

Pese a haber superado todos estos hechos, el último tiempo la tensión volvió a estar presente durante la tramitación del proyecto de ley conocido como Agenda corta Antidelincuencia, donde se contempla el control preventivo de identidad, iniciativa apoyada por el gobierno y que distintos sectores de la Nueva Mayoría rechazaron amenazando incluso con ir al Tribunal Constitucional. Luego que un grupo de parlamentarios del Partido Comunista asegurara que presentaría una demanda ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos, Burgos indicó que "es impropio de un partido que es parte del gobierno que patrocinó el proyecto de ley en cuestión".