Durante cinco años se extendió una investigación de la Fiscalía de Alta Complejidad -a solicitud de una comisión investigadora de la Cámara de Diputados, tras aprobar un informe con votación dividida- que buscaba establecer tributarios en doce universidades del país. Los parlamentarios apuntaban a "sancionar" el lucro, pedido que fue acogido por el fiscal nacional de la época, Sabas Chahuán. Con el paso del tiempo, la investigación a cargo del fiscal Carlos Gajardo, que partió con siete universidades, llegó a tener una docena de instituciones indagadas por supuestos delitos tributarios. Incluso un informe de la Policía de Investigaciones acreditó ciertos traspasos de dinero desde las universidades a empresas inmobiliarias.
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Tras este período, la investigación finalizó sin dar cuenta de delitos en esas casas de estudios superiores. La cuestionable solicitud de los parlamentarios, que tuvo eco en la Fiscalía en su momento, provocó un daño de imagen en cada una de las casas de estudios que fueron cuestionadas, las cuales debido al caso levantado por el persecutor vieron afectado su financiamiento y criticada su gestión, con miles de alumnos afectados y la comunidad en general preocupada por el futuro de dichos planteles, y de los jóvenes que estudiaban en ellos.
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