Además de su funcionamiento, el punto negro histórico del Transantiago se relaciona con los millonarios subsidios que año tras año ha recibido por parte del Estado para asegurar su financiamiento.

De acuerdo a estimaciones del director del Centro de Datos del Instituto Libertad y Desarrollo (LyD), Rodrigo Troncoso, considerando sólo los subsidios entregados directamente a la operación del sistema (ejecución del presupuesto y 2% Constitucional durante 2007 y 2008) el aporte suma aproximadamente unos US$5.000 millones en los nueve años del sistema.

Dicho monto, según explica Troncoso, considera el tipo de cambio promedio durante el período 2007-2015.

El experto también añade que este cálculo no considera los costos asociados a estudios, cambios de contratos o construcción de corredores de buses.

Según un reciente estudio de LyD, lo que se ha gastado en Transantiago los últimos 9 años habría financiado buena parte de la infraestructura del Plan Maestro de Transportes de Santiago 2025.

El estudio también plantea que el subsidio que se contempla para este año sería cercano a los US$750 millones, considerando un tipo de cambio de $ 700 por dólar.