A tres meses de su detección “variante andina” es ahora la segunda con mayor circulación en Chile

El Informe Epidemiológico Circulación de Variantes Sars-CoV-2 en Chile elaborado por el Departamento de Epidemiología del Ministerio de Salud y publicado hace 10 días, señala que entre el 22 de diciembre y el 10 de mayo se han secuenciado un total de 1.369 muestras de casos positivos del nuevo coronavirus Sars-CoV-2, causante de Covid-19

De estas secuenciaciones, el 28,5% corresponde a la variante B.1.1.28.1 o simplemente P.1 (del Amazonas brasileño); el 27% a la ahora reconocida variante C.37 (andina), el 15,9% a la variante B.1.1.348 (presente mayormente en Sudamérica) y el 14,8% a la variante británica (B.1.1.7)

El nuevo linaje, bautizado como C.37 y reconocido hace un par de semanas por las plataformas Nexstrain y Gisaid, en poco tiempo ha ganado espacio entre las variantes que circulan en el país. Y viene aumentando. Si en el mes de febrero, cuando se detectó por primera vez en el país representaba el 4,7% respecto del total de secuenciaciones realizadas ese mes; en marzo ya era el 28,7% y en abril el 34% del total de muestras secuenciadas.

Además, todas las muestras en las que se detectado son comunitaria, ninguna en viajeros, lo que significa que C.37 es una variante que ya está instalada y que circula entre la población que habita el país.

Los primeros casos de C.37, según el documento del Minsal, se presentaron a mediados de febrero en las regiones de Coquimbo y Metropolitana. El 83% de los casos tienen nacionalidad chilena, el 52% son hombres y el 60% se encuentra entre los 20 y 59 años. Del total de casos de este linaje, el 80% corresponde a casos sintomáticos y un 17% ha requerido hospitalización.

Justo hace un mes, el viernes 23 de abril, una investigación publicada en virological.org, un foro de investigadores dedicados al estudio de los virus, reportaba un nuevo sublinaje del virus Sars-CoV-2 que se expandía por Chile y Perú. Pablo Tsukayama, profesor de Microbiología de la Universidad Peruana Cayetano Heredia y autor principal de este reporte, explicó en esa oportunidad a Qué Pasa que la nueva variante bautizada por ellos como C.37 presenta en su genoma 19 mutaciones que generan un cambio en la secuencia de aminoácidos y siete de estos cambios ocurren en la proteína Spike (S) que es la que se adhiere a las células humanas y que es el principal antígeno del virus y el objetivo de la mayoría de las vacunas. Además, varias de estas mutaciones estan presentes también en las variantes británica, sudafricana y brasileña.

Aunque en los primeros días, las autoridades nacionales no reconocieron esta nueva variante, hoy destacan en el informe que C.37 aumentó su circulación desde marzo a la fecha siendo el linaje más prevalente en abril en Chile. “Esta situación requiere estar atentos a los cambios en la caracterización epidemiológica de estos casos, así como mantener el envío de muestras en todas las regiones para el monitoreo de las características de los linajes y variantes prevalentes”, dice un comentario de la página 26 del informe.

Al 20 de mayo, se habían reportado en Gisaid 823 genomas de C.37 en 18 países. Hasta ayer, sumaban 936 genomas de esta variante descritos en Gisaid confirmando su presencia en Chile, Perú, Argentina, Ecuadro, Israel, Colombia, México, Aruba, Estados Unidos, España, Alemania, Brasil, Portugal, Suiza, Francia, Australia, Canadá, Reino Unido y Dinamarca.

Según Tsukayama, a partir de estos datos se pueden hacer estimaciones generales de prevalencia en cada país, pero estas son sesgadas por varios factores y probablemente son un subreporte de la prevalencia real. Lo que sí sugieren, es que C.37 circula principalmente en Sudamérica.

La principal razón de sesgo tiene que ver con las posibilidades que tiene cada país para realizar la secuenciación. En Sudámerica no todos los países pueden realizar este tipo de prueba, Chile es uno de los que más realiza secuenciaciones completas, pero hay otros países en los que solo se busca un conjunto determinado de mutaciones según la variante que se sospecha está circulando. A nivel mundial, es el Reino Unido, el país que más secuenciaciones hace.

¿Es más transmisible? ¿Es más letal? Son preguntas que aún no se pueden responder, dice Tsukayama, porque para eso se requiere de un nivel de información que hoy no está disponible. Tampoco es posible determinar si las actuales vacunas protegen contra esta variante porque para eso se necesita investigación invitro, en animales, ensayos que midan la capacidad de neutralizar el virus a partir de muestras de personas vacunadas. “Hasta hoy, sabemos que todas las vacunas protegen contra las variantes conocidas”, dice el investigador peruano.

Hoy, la Organización Mundial de la Salud (OMS) define dos categorías para clasificar los virus: variante de preocupación (VOC) como la británica (B.1.1.7), sudafricana (B.1.351) o del Amazonas brasileño (B.1.1.28.1 o simplemente P.1) y la india (B.1.617*) y variante de interés (VOI) como (B.1.525), dos estadounidenses (B.1.427-429 y B.1.526), otra brasileña (B.1.2.28.2 o P.2), una filipina (B.1.1.28.3 o P.3) y la francesa (B.1.616).

El nuevo linaje, C.37, no es parte de esta clasificación. Sin embargo, por el aumento en la circulación y la sobre representación que alcanza en las secuenciaciones y que la han llevado a ser casi tan competitiva como P.1, los investigadores creen que se debe estar atentos a la evolución que tenga.

Tsukuyama explica que son las autoridades, en este caso OMS/OPS, quien debe analizar la situación y decidir si amerita algún tipo especial de clasificiación, sin embargo, al margen de las designaciones oficiales, ”si algo no existía hace seis meses y hoy es el de 40 o 50%, como es C.37 en Perú, es preocupante y hay que investigarlo, pero no me corresponde a mi como grupo de investigación, decir que es una variante de preocupación”.

Rafael Medina, virólogo y profesor asociado del Departamento de Enfermedades Infecciosas e Inmunología Pediátrico de la U. Católica, cree que el nuevo linaje se tiene que mantener en observación y ver cómo se sigue manifestando en nuestra población y sobre todo, saber si hay un impacto epidemiológico y biológico, algo que según él, aún no está claro.

“El linaje B1, por ejemplo, se ha visto sobre representado desde el año pasado, pero no se ha comportado distinto de la enfermedad original. En el caso de P.1 y C.37, ambos linajes se ven más o menos equitativos pero están representados en todo Chile, desde Arica a Magallanes y eso nos indica que es algo de importancia a lo que hay que prestarle atención”, dice Medina y agrega que ninguna de las dos parece tener un impcto mayor respecto de causar una enfermedad distinta o más grave a lo que ya existía en el país con las otras variantes.

Podría ocurrir que aumente la infección en personas que ya están vacunadas, que personas se reinfecten como ocurrión en Manaos (Brasil). Hasta ahora, insiste Medina, no hay antecedentes de cambios de este tipo producidos por C.37. “Seguimos teniendo alto número de casos en la población más joven, que es la que no está tan vacunada, la que más se mueve y la que más se expone”.

Medina reconoce que si bien, la variante andina no es más contagiosa que la brasileña, ambas tienen ventajas respecto de las otras variantes que circulaban en el país y probablemente, C.37 posea una mayor nivel de contagiosidad respecto del virus original porque está sobre representada en las muestras y está circulando casi al mismo nivel de una variante que ya es considerada de preocupación. “Es probable que estemos en presencia de algo que debamos estudiar más en profundidad”, recalca.

A juicio de Ricardo Soto-Rifo investigador del Laboratorio de Virología Molecular del Programa de Virología del Instituto de Ciencias Biomédicas, de la Facultad de Medicina de la Universidad de Chile (ICBM), si más del 70% de las secuencias que se realizan en el país estan dominadas por solo 3 linajes, “indica que tienen una ventaja comparativa por sobre otros linajes del virus”.

“Cuando surge la variante británica B.1.1.7, desaparecen los otros linajes, empieza a predominar. Si prevalce por sobre otros, es porque las mutaciones que tiene tienen un impacto positivo en el virus y su fitness, que es la capacidad que tiene el virus para infectar y multiplocarse en las células, es mejor”, indica Soto-Rifo.

Lo que le llama la atención al investigador del ICBM es que en porcentaje la circulación de C.37 y P.1 sea similar (28.5 y 27%, respectivamente). “Está probado que P.1 es hasta 2,4 vceces más contagionsa y que puede contagiar a quien ya se ha enfermado por lo que tiene un nivel de escape a los anticuerpos de una persona que ya se había contagiado con otro linaje”, señala.

No solo se trata de secuenciar si no que también es necesario seguir de cerca lo que ocurre con una variante que está sobre expresada respecto de otras. “Secuenciar es solo la punta del iceberg”, dice Soto-Rifo. Además, las mutaciones que tiene C.37 son similares a otras variantes que son de preocupación: “son mutaciones que te hacen ver cambio fenotípico y tienes más transmisión, entonces para Chile debiera ser una variante de interés”.

Los investigadores coiciden en que es necesario tener más datos sobre este linaje, y para eso es necesario hacer más investigación.

El investigador del ICBM adelanta que en los próximos días un estudio en el que analizarán cuánto protegen los anticuerpos de las personas que ya han sido vacunadas frente a C.37.

El grupo que dirigie Soto-Rifo desarrolló el año pasado una técnica que permite detectar y cuantificar los anticuerpos que contienen las muestras de las personas que han sido vacunadas o han enfermado con el virus. Para ello, utilizan un virus VIH inactivo, la proteína de superficie Spike del nuevo coronavirus (S) y su receptor ACE2 y una proteína denominada luciferasa, que es la misma que permite a las luciérnagas emitir luz. En términos sencillos, lo que hacen es vestir al virus de VIH con la proteína superficie del coronavirus, de esta manera, pueden medir y cuantificar anticuerpos neutralizantes contra diferentes variantes de SARS-CoV-2 en muestras de suero o plasma.

El trabajo que realizarán, permitirá medir anticuerpos contra la variante P.1, Sudafricana, la de Nueva York, California y C.37 entre otras. “En Sudamérica la problemática es la misma. No tenemos suficientes datos a la mano para estudiar bien. Nuestros países representan hoy menos del 2% de todos los genomas secuenciados en el mundo, nuestra representatividad es muy baja. Estamos detectando C.37, pero probablemente es un subregistro, probablemente la circulación es mayor, pero no tenemos tanta vigilacina. Por lo mismo, la cordinación entre los laboratorios académicos y los del gobierno, entre los investigaores de diferentes países es fundamental”, indica el investigador peruano.