A un año de la primera imagen y de publicarse su genoma, científicos han reportado cientos de mutaciones del coronavirus

El 11 de enero de 2020, apenas un mes después de que se conocieran los primeros casos los Centros de Control y Prevención de enfermedades de China, daban a conocer genoma del virus Sars-CoV-2, entonces mal llamado virus de Wuhan.

Desde entonces, el nuevo coronavirus ha dejado más de 90 millones de personas contagiadas y casi dos millones de fallecidos en todo el mundo y como es característico en un virus, sigue mutando y cada cierto tiempo lo hace generando una estela de preocupación ante la posibilidad de que ese cambio implique más contagios o más muertes.

Flavio Salazar, vicerrector de Investigación y Desarrollo de la U. de Chile, señala que este virus tiene una secuencia genética compuesta de 30 mil nucleotidos en los que está guardada su información genética (ARN), lo que equivale aproximadamente a 10 mil unidades de aminoácidos para proteínas. “Solo la proteína Spike o S que está en la cubierta del virus y que es la que se adhiere a las células humanas posee 1.300 aminoácidos y 3.000 proteínas que pueden mutar y puede ocurrir, aunque es poco probable, que una de estas mutaciones genere una mejor afinidad o mejor función para esta proteína”.

Vivian Luchsinger, viróloga e investigadora del Instituto de Ciencias Biomédicas (ICBM) de la Facultad de Medicina de la Universidad de Chile, señala que es difícil establecer cuántas mutaciones ha tenido el virus porque no todas se reportan. “Son muchísimas mutaciones. Cada zona del genoma cambia constantemente y en cada replicación viral, cientos de mutaciones”, indica.

GISAID es una plataforma a la que los investigadores de todo el mundo envían las secuenciaciones del virus que circulan en sus países y fue también la que primero recibió la secuenciación realizada por los CDC chinos en enero. A la fecha, ya recopila 348.079 secuenciaciones completas del virus Sars-CoV-2.

“Hace exactamente un año, se iniciaron respuestas críticas de salud pública en todo el mundo, cuando los CDC de China compartieron a través de GISAID los primeros genomas completos del Sars-CoV-2 y los datos asociados. Estos datos curados y de alta calidad disponibles a través de GISAID permitieron el inicio del desarrollo de las primeras vacunas, pruebas de diagnóstico y otras respuestas a una velocidad sin precedentes, incluidas las primeras vacunas que se aprobaron y se pusieron a disposición el desarrollo de las primeras pruebas moleculares basadas en NAAT y RT-PCR para detectar el coronavirus pandémico”, señala esta web por este aniversario.

Nicolás Muena, investigador de la Fundación Ciencia & Vida, explica que son muchas las mutaciones que han ocurrido en este tiempo. “GISAID ha agrupado todas las variantes (que son miles) en siete grupos distintos o clados, Nexstrain por otra parte, los agrupa en 5. Pero dentro de esos grupos hay variantes de interés o “variants of concern”. Hoy son principalmente dos, la de Reino Unido y la de Sudáfrica principalmente por acumular mutaciones en sitios importantes de la Spike, de la proteína de superficie”, dice.

A juicio de Rafael Medina, virólogo y profesor asociado del Departamento de Enfermedades Infecciosas e Inmunología Pediátrico de la U. Católica, todos los virus cambian con el tiempo, lo importante es saber si estas variaciones son esporádicas y no vuelven a aparecer en las vigilancias genómicas o si son como las variantes británicas o sudafricana que se han mantenido entre la población. “Hasta ahora, cinco o seis variantes son las relevantes y las que se empiezan a detectar en otros lugares además de su lugar de origen. Son pocas la mutaciones que han sido denominadas de interés y que podrían generar un cambio del virus”, detalla.

El 31 de diciembre recién pasado, fue la última vez en que la Organización Mundial de la Salud (OMS) actualizó la lista de variantes del virus a las que le hace seguimiento y así estar atentos a cambios en la transmisibilidad, la presentación clínica y la gravedad, o si tienen un impacto en las contramedidas, incluidos los diagnósticos, la terapéutica y las vacunas.

De acuerdo al resumen de la OMS, la primera variante de importancia que se detectó fue una con una sustitución en el gen D614G que codifica la proteína Spike y que surgió a fines de enero o principios de febrero de 2020. “Durante un período de varios meses, la mutación D614G reemplazó a la cepa inicial de Sars-CoV-2 identificada en China y en junio de 2020 se convirtió en la forma dominante del virus que circula a nivel mundial”, señala la OMS.

Los estudios realizados en células respiratorias humanas y en modelos animales demostraron que, en comparación con la cepa del virus inicial, “la cepa con la sustitución D614G tiene una mayor infectividad y transmisión” pero no causa una enfermedad más grave ni altera la eficacia de los diagnósticos de laboratorio, la terapéutica, las vacunas o las medidas preventivas de salud pública existentes.

En agosto y septiembre de 2020, una variante del Sars-CoV-2 relacionada con la infección entre visones de criadero y posteriormente transmitido a los humanos, se identificó en el norte de Jutlandia, Dinamarca. Esta variante (“Cluster 5”) posee una combinación de mutaciones no observadas anteriormente. A la fecha, se han detectado solo 12 casos humanos de la variante. Millones de visones fueron sacrificados.

El 14 de diciembre de 2020, las autoridades del Reino Unido notificaron a la OMS una variante denominada por el Reino Unido como Sars-CoV-2 VOC 202012/01. Esta variante contiene 23 sustituciones de nucleótidos y no está relacionada filogenéticamente con el virus Sars-CoV-2 que circulaba en el Reino Unido en el momento en que se detectó la variante. “No está claro cómo y dónde se originó. Apareció inicialmente en el sudeste de Inglaterra, pero en unas pocas semanas comenzó a reemplazar otros linajes de virus en esta área geográfica y en Londres. A partir del 26 de diciembre de 2020, se ha identificado en muestras de rutina y pruebas genómicas realizadas en todo el Reino Unido”, señala el documento, lo que indica que ha aumentado su transmisibilidad sin que registre cambios en la gravedad de la enfermedad o la aparición de reinfección entre los casos variantes en comparación con otros virus del Sars-CoV-2 que circulan en el Reino Unido

El 18 de diciembre, fueron las autoridades sudafricanas las que anunciaron la detección de una nueva variante, denominada 501Y.V2, debido a una mutación N501Y. Esta variante logró desplazar rápidamente a otros linajes que circulan en Sudáfrica, y los estudios preliminares sugieren que la variante está asociada con una carga viral más alta.

A juicio de Salazar, para comprobar que una variante es más infectiva que otra, se requieren otro tipo de estudios. Hoy se dice que la mutación detectada en el Reino Unido y en Sudáfrica están circulando en un alto nivel, pero eso se hace según modelos matemáticos y de acuerdo a las secuenciaciones que se están realizando. “Pero cuán infectivo sea un virus depende de muchos factores, como si en el lugar en el que se detecta las personas utilizan mascarillas, hacen fiestas, mantienen distancia. Entonces, para saber su una variante es más infectiva que otra, hay que hacer un estudio en que las dos tengan las mismas condiciones, en el laboratorio”, dice

De la misma idea es Muena. “Hay muchos estudios informáticos y con células que deben ser replicados en sistemas más complejos, en vivo por ejemplo con modelos animales, para saber cómo afecta la transmisión y la carga viral de cada variante. A veces que una variante se haga más frecuente puede deberse sólo a que en ese lugar y en ese momento se produjeron condiciones ideales para su propagación, como el mayor flujo de personas en Navidad y el hecho de que las personas se estén relajando, pero hay estudios previos que indican que la mutación N501Y hace que haya una unión más fuerte entre la Spike y su receptor”, señala.