En 2010, un virus similar al Sars-CoV-2 ya circulaba en Camboya

En noviembre y diciembre de 2010, la Unesco y las autoridades camboyanas invitaron a investigadores del Museo Nacional de Historia de París a explorar varios sitios en el norte de Camboya con el fin de estudiar la biodiversidad de los murciélagos cerca del templo de Preah Vihear.

Durante este estudio se capturó una gran cantidad de especies de murciélagos, incluidas ocho especies de murciélagos de herradura (género Rhinolophus). Son de gran interés para los virólogos. ya que son el reservorio de todos los sarbecovirus, el grupo de coronavirus que contiene los virus humanos Sars-CoV y Sars-CoV-2, responsables respectivamente de la epidemia de Sars en 2002-2004 y la actual pandemia de Covid-19.

En 2020, 10 años después de la expedición, las muestras almacenadas en un congelador a -80 °C fueron extraídas y analizadas por el Instituto Pasteur de Camboya (IPC) para buscar sarbecovirus. Una prueba de PCR mostró dos resultados positivos y se inició una secuenciación completa de su genoma. Se descubrieron dos variantes de un virus cercano al Sars-CoV-2 en dos murciélagos de la especie Rhinolophus shameli capturados en 2010 en una cueva en la provincia de Steung Treng.

Los resultados de esta investigación están disponibles gratuitamente en el sitio web de bioRxiv y están pendientes de revisión por pares. Esta práctica ahora se usa ampliamente para transferir rápidamente nuevos conocimientos sobre la pandemia Covid-19.

El descubrimiento de este nuevo virus en el norte de Camboya es importante porque es el primero encontrado fuera de China que está cerca del Sars-CoV-2: de las 29.913 bases alineadas en los genomas de los dos virus, el 93% eran idénticas. Todos los descritos anteriormente se detectaron en animales recolectados en China, incluidos dos virus encontrados en dos especies de murciélagos Rhinolophus en el sur de China, y dos virus más divergentes (90% y 85%) encontrados en pangolines incautados por la aduana china en las provincias de Guangdong y Guangxi.

El nuevo virus de Camboya se detectó en una especie de murciélago endémica del sudeste asiático que no se extiende más allá de Yunnan, donde se encontraron los dos virus similares al SARS-CoV-2 de murciélago anteriores.

Esto significa que virus similares al Sars-CoV-2 han estado circulando durante varias décadas, como sabemos por la datación molecular, por todo el sudeste asiático y Yunnan, y que diferentes especies de murciélagos podrían haber intercambiado estos virus en las cuevas que habitan.

Los investigadores chinos han estado buscando sarbecovirus en todo el país durante unos 15 años. Encontraron más de 100 virus similares al Sars-CoV, pero solo dos relacionados con el Sars-CoV-2. Por lo tanto, los nuevos datos validan la hipótesis de que los virus similares al Sars-CoV-2 están presentes principalmente en el sudeste asiático, mientras que los virus similares al Sars-CoV son dominantes en China.

Los datos de la figura anterior apoyan indirectamente la hipótesis de que el grupo Sars-CoV-2 en realidad se originó en el sudeste asiático continental. De hecho, las poblaciones humanas de Camboya, Laos, Tailandia y Vietnam parecen estar mucho menos afectadas por la pandemia de Covid-19 que otros países de la región, como Bangladesh, Myanmar, Malasia, Filipinas e Indonesia. Esto sugiere que las poblaciones de estos cuatro países pueden beneficiarse de un nivel de inmunidad colectiva a los sarbecovirus.

Aparte de los murciélagos, el pangolín malayo (Manis javanica) es el único animal salvaje en el que se han encontrado virus similares al Sars-CoV-2. El problema es que estos descubrimientos se realizaron en un contexto bastante especial, el del tráfico de pangolines. La aduana china confiscó varios animales enfermos en la provincia de Guangxi en 2017-2018 y en la provincia de Guangdong en 2019.Incluso si los virus secuenciados en pangolines no son tan cercanos al Sars-CoV-2 (uno era 85% idéntico y el otro 90%), indican que al menos dos sarbecovirus podrían haberse importado a China mucho antes de la epidemia de Covid-19.

De hecho, se ha demostrado que los pangolines de los países del sudeste asiático se han contaminado entre sí mientras estaban en cautiverio en territorio chino.

La pregunta sigue siendo cómo se infectaron inicialmente los pangolines. ¿Podría haber sido en su entorno natural del sudeste asiático, antes de ser capturados? El descubrimiento de un nuevo virus cercano al Sars-CoV-2 en murciélagos en Camboya apoya esta hipótesis, ya que los murciélagos y pangolines Rhinolophus pueden encontrarse, al menos ocasionalmente, en cuevas en el sudeste asiático. Esto refuerza la hipótesis de que el tráfico de pangolines es responsable de múltiples exportaciones de virus similares al Sars-CoV-2 a China.

En 2002-2004, varios carnívoros pequeños mantenidos en jaulas en mercados o restaurantes chinos resultaron positivos para el Sars-CoV, como la civeta de palma enmascarada, el perro mapache y el tejón hurón chino.

Estos pequeños carnívoros son mamíferos solitarios y nocturnos, como los pangolines. En la naturaleza, la contaminación ocasional de un individuo de estas especies por un sarbecovirus de murciélago tiene muy pocas posibilidades de causar una epidemia. Sin embargo, un individuo infectado colocado en una instalación de cría intensiva puede conducir a una evolución rápida e incontrolable de este tipo de virus.

En 2020, los visones estadounidenses criados por su piel se contaminaron con el virus Sars-CoV-2 de humanos en Europa y Estados Unidos. En noviembre de 2020, millones de visones en Dinamarca fueron sacrificados después de que se infectaron con Covid-19 y, a su vez, transmitieron una forma mutada a los humanos.

La crisis del Covid-19 le enseñó al mundo que mantener un gran número de pequeños carnívoros en cautiverio es un riesgo importante para la salud: los virus pueden propagarse y evolucionar rápidamente en las instalaciones de reproducción, produciendo potencialmente variantes más contaminantes o más peligrosas. Como los pangolines y las especies de carnívoros pequeños se almacenaban y vendían juntos con frecuencia en mercados húmedos, un “efecto de bola de nieve” debido a la transmisión viral entre especies podría ser el último paso para iniciar la pandemia humana Covid-19.

Este escenario es muy probable ya que casi 1 millón de pangolines han sido traficados en la última década y millones de pequeños carnívoros se crían en granjas peleteras en China.

Para probar esta hipótesis y comprender por qué están surgiendo epidemias en China y no en otros lugares, sería interesante buscar una posible infección por sarbecovirus en muestras de visones estadounidenses y perros mapaches criados por su pelaje en China. Estas muestras existen, se han recolectado en las últimas dos décadas para estudiar el virus del moquillo canino o los virus de la gripe aviar H5N1 y H9N2.