¿Hay una variante chilena, magallánica o andina? Así se determinan los nombres de los nuevos virus

El viernes 23 de abril, una investigación publicada en virological.org, un foro en el que investigadores dedicados al estudio de los virus dan cuenta de sus estudios, reportaba un nuevo sublinaje del virus Sars-CoV-2 que se expandía por Chile y Perú. Pablo Tsukayama, profesor de Microbiología de la Universidad Peruana Cayetano Heredia y autor principal de este reporte, explicó a Qué Pasa que la nueva variante bautizada por ellos como C.37 posee mutaciones que están cerca de la proteína Spike (S), que permite su unión a la célula humana y que ya se ha detectado en las variantes británica, sudafricana y brasileña.

El lunes 26 de abril, la subsecretaria Paula Daza habló de la “variante andina”, pero en el Instituto de Salud Pública de Chile (ISP), señalaron que las mutacionaes detectadas en esta C.37 se venían detectando desde hace varias semanas como una rama de la B.1.1.1 (que es la predominante en Chile) pero que no se bautizaría con otro nombre hasta que la plataforma Gisaid no reconociera que circulaba hace mucho más tiempo en el país.

El 3 de mayo, desde Israel se anunció que la “variante chilena” había llegado a ese país junto a un viajero pero en la tarde, el mismo ISP descartaba la existencia de una variante chilena y declaraba que en la base de datos de Gisaid no estaba descrita.

Una semana después, un estudio publicado en la revista Viruses (Editorial MDPI), validaba el descubrimiento de un grupo de investigadores de la Universidad de Magallanes que demostró un grupo de mutaciones en el virus que circulaba en esta región a fines del año pasado y que estaría relacionado con la gran cantidad de casos de esas semanas. Esta vez, Marcelo Navarrete, director médico del Laboratorio Covid-19 de la Universidad de Magallanes y líder del estudio, prefirió no poner nombres a lo que podría ser una nueva variante propia del virus que causa Covid-19. El tema de la nomenclatura de un virus es controversial explicó en esa oportunidad: “Si se transforma en un nuevo linaje, el tiempo lo dirá”.

No había pasado un mes desde su aparición y los cientificos chinos ya habían descifrado el genoma completo del nuevo coronavirus Sars-CoV-2. Entonces, el linaje de este virus se bautizó con la letra A y se hizo conocido como el virus original de Wuhan.

Siguiendo su naturaleza, el virus comenzó a mutar y a poco andar, se descubrió un nuevo linaje en Europa, ahora se le identificó con la letra B porque los cambios o mutaciones que había sufrido lo hacían ser un nuevo linaje pero no eran tantos como para que se convirtiera una nueva cepa de Sars-CoV-2. La mutaciones que se acumulaban se anotaron con un número que seguía a la letra.

Desde entonces los análisis completos del virus (secuenciaciones genómicas) que se han realizado suman más de un millón según las publicaciones en las bases de datos y entre ellas, se han identificados varios miles de variantes. Es decir, varios miles de grupos de mutaciones que ameritan una nueva letra seguida de varios números, pero no todas ellas son imporantes desde el punto de vista epidemiológico.

Nunca antes en la historia se había surgido tanta información sobre un virus y la enfermedad que provoca en tan poco tiempo, razón por la que se tuvo que idear una nueva forma de nombrar sus cambios, según estos se fueran conociendo.

Rafael Medina, virólogo y profesor asociado del Departamento de Enfermedades Infecciosas e Inmunología Pediátrico de la U. Católica, explica que el tema de los nombres ha sido un poco confuso porque hay distintas maneras de hacerlo, diferentes nomenclaturas para catalogar los cambios que tienen los virus, algunos antiguos y otros más modernos.

En el caso del Sars-CoV-2, era necesario ser más precisos y desde julio del año pasado que se propuso una nueva nomenclatura por un grupo de investigadores. “Estamos hablado un genoma con ciertos patrones con los que podemos saber dónde se originaron geograficamente esos cambios. Se puede explicar con el ADN de los seres humanos. Si hacemos el análisis, podemos saber que tenemos ancestros o herencias que provienen de indígenas, europeos, africanos porque hay un genoma ancestral que se puede rastrear. Con los virus es parecido. Salió el virus desde Wuhan,(A) y en Europa surgió uno de los primeros brotes en Lombardía (Italia), desde ahí surgió una variante nueva (B). Así, a medida que este linaje va mutando, va cambiando”, indica Medina.

Definir variantes, linajes y cepas es casi una discusión filosófica hoy entre los cientificos. Pero en términos sencillos, el virógo de la UC explica que un linaje implica saber desde dónde proviene el virus, una huella genética que indica su origen y que se puede construir como si fuera un árbol genealógico; las variantes se refieren a los grupos de mutaciones que impactan o preocupan porque genera cambios epidemiológicos (más contagios o que se vuelva predominante en un lugar).

Una cepa, ya son palabras mayores e implica que el virustiene ciertos cambios específicos y ha evolucionado tanto que probablemente se requiera un cambio de vacuna, algo que todavía no ocurre con el virus que causa Covid-19.

“Hoy lo que importa es que las mutaciones que tenga el virus, tenga un impacto biológico. Que aumente la contagiosidad, que se escape de las vacunas, que cause enfermedad más grave. No es cualquier cambio el que nos debe importar”, dice Medina.

La variante británica (B.1.1.7) por ejemplo se detectó a fines del año pasado porque desplazó a la variante anterior y se hizo predominante, no solo en el Reino Unido, también en Portugal, Dinamarca. Cuando se ve sobre representada en un lugar geografico en el que aumentan los casos, es motivo de preocupación porque esa es una evidencia clara de que se está transmitiendo más rápido.

Hoy, la Organización Mundial de la Salud (OMS), utiliza dos categorías para identificar las diferentes variantes: de interés (VOI) y variantes de preocupación (VOC). Otras autoridades sanitatrias, como los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC, su sigla en inglés) de EE.UU, ocupan estos dos conceptos y agregan un tercero, la variante de atención o gran consecuencia. En el Reino Unido, sumaron un tercer elemento, la variante de investigación.

Según la última actualización epidemiológica de la OMS publicada ayer, son cuatro las variantes de preocupación: las variante británica (B.1.1.7), sudafricana (B.1.351) o del Amazonas brasileño (B.1.1.28.1 o simplemente P.1) y la india (B.1.617*).

Como variante de interés, calificó a otras seis: una que está presente en varios países (B.1.525), dos estadounidenses (B.1.427-429 y B.1.526), otra brasileña (B.1.2.28.2 o P.2), una filipina (B.1.1.28.3 o P.3) y la francesa (B.1.616).

Ricardo Soto-Rifo investigador del Laboratorio de Virología Molecular del Programa de Virología del ICBM, señala que para definir una variante de interés y preocupación la OMS tiene establecido ciertos parametros. “Si el virus cambia fenotípicamente en comparación con una referencia o posee un genoma con mutaciones que conducen a cambios de aminoácidos asociados con sospechas de implicaciones fenotípicas (por ejemplo, en proteína Spike) y ha sido identificado como causante de transmisión comunitaria, se considera una variante de interés”.

Se transforma en una variante de preocupación si se demuestra su asociación con el aumento de transmisibilidad o cambio perjudicial en la epidemiología de la enfermedad; con el aumento de la virulencia o cambios en la presentanción clínnica de la enfermedad; o si hay una dismiminución de la eficacia de las medidas sociales, de salud pública, de los diagnósticos, vacunas o medidas terapéuticas.

“Que sea de interés, significa que ya sabemos que tiene algunos cambios que pueden tener cierto impacto, que sus mutaciones están en ciertos regiones del virus que lo pueden afectar. La variante india, pasó de ser una variante de interés a una de preocupación, que tiene un impacto epidemiológico”, indica Medina.

En Chile, lo que se está viendo con más frecuencia en las secuenciaciones es la circulación de la variante P.1, desde enero.

Todas las secuenciaciones que se realizan los científicos se suben a plataformas como Nexstrain y Gisaid. “El rol de ellos es ser un repositorio, hacen reportes cada cierto tiempo de las secunciaciones que se van realizando en todo el mundo. Los investigadores hacen propuestas de nombres, presentan sus trabajos, pero que se reconozca o no como una nueva variante no depende de Gisaid o de la OMS, a veces son las mismas autoridades de los países los que designan”, explica Medina.