Las tres variantes del coronavirus más peligrosas y que preocupan a la OMS ya podrían estar circulando en el país

El test diagnóstico que se realiza para saber si una persona está o no contagiada con el virus Sars-CoV-2 es el de “Reacción en Cadena de la Polimerasa” más conocido como PCR. Este examen detecta a partir de una muestra de secreción nasal la presencia del virus, pero no es capaz de detectar a qué tipo de variante corresponde.

Dicho de otra forma, para saber si el virus que infectó a una determinada persona corresponde a la variante británica, sudafricana o del Amazonas brasileño, es necesario realizar una secuenciación genómica, otro examen que revise detenidamente cada una de las 30 mil esferas (nucleótidos) que conforman el material genético del coronavirus.

Esta información es comparada con el primer genoma de Sars-CoV-2 que se conoció hace un año y que corresponde al genoma que dieron a conocer los investigadores chinos del virus descubierto en Wuhan. Según los cambios que tenga, se puede determinar a qué variante pertenece.

Según ha definido la Organización Mundial de la Salud (OMS), a la fecha hay tres variantes que son motivo de preocupación: la variante identificada en el Reino Unido (B.1.1.7), en Sudáfrica (501Y.V2) y Brasil (B.1.1.248, también conocida como P.1). En general, además del número que las identifica, las variantes son también conocidas por el lugar en el que se les detectó.

De estas tres mutaciones, dos ya están en Chile. Según el Reporte Circulación de Variantes Sars-CoV-2 en Chile publicado el viernes pasado por Departamento de Epidemiología del Ministerio de Salud, al 25 de febrero de 2021, se han identificado 34 casos de la variante B.1.1.7 (variante británica) y de ellos, 76%, corresponden a casos de nacionalidad chilena. Los 34 casos se distribuyen en las regiones de Antofagasta, Atacama, Valparaíso, Metropolitana, Maule, de Los Ríos y de Los Lagos.

De estos casos, 32 están asociados a personas que llegaron desde el extranjero (casos importados) y contactos estrechos. Sin embargo se han detectado dos casos índices aislados que no tienen antecedentes de viaje al exterior ni contacto con personas que hayan viajado.

“Para la variante P.1, el 30 de enero de 2021 se detectó el primer caso con esta variante en Chile, secuenciada por el Instituto de Salud Pública. Hasta el 25 de febrero de 2021, se han reportado 14 casos con esta variante, de los cuales 11 son de nacionalidad chilena”, dice el documento. ¿Dónde están? Región Metropolitana, de Los Lagos y de Valparaíso. Doce estos casos son viajeros que proceden de un viaje del extranjero desde Brasil y Perú, y dos corresponden a casos secundarios de uno de estos viajeros.

Hasta ahora, de la variante sudafricana, no hay detección en el país.

Jorge Fernández, jefe del Subdepartamento de Genética Molecular del Instituto de Salud Pública (ISP), explica que de acuerdo a la vigilancia que se ha hecho hasta enero, hoy día en Chile circulan varias cepas del virus Sars-CoV-2 pero las que predominan en los últimos meses son las variantes conocidas como B.1.1, B.1.1.33,B.1.1.1 y N4. Esta última se encuentra circulando desde noviembre del año pasado.

“La P.1, y la B.1.1.7, se han detectado en viajeros, salvo una muestra y otra de un chileno que sí estaba relacionada con un viajero pero fue un tema de diagnóstico. No se han detectado en la población general pero eso no quiere decir que no están circulando, no se puede descartar que sí estén y por lo mismo hay que estar atentos y seguir haciendo vigilancia, porque no podemos decir que estemos libres”, dice Fernández.

Durante toda la pandemia, dice Fernández, a nivel país se han realizado 1.132 secuenciaciones, 150 de ellos entre diciembre y enero. Del total, alrededor de 750 han sido hechas por el ISP.

¿Son suficientes? Mario Calvo, infectólogo de la Universidad Austral (UACH), indica que tener más genotipificaciones no tiene un umbral específico en que uno diga que esta información ayuda a tomar medidas que cambien la pandemia, por lo que con ese objetivo es difícil hablar de cantidades y decir si esa cifra es mucho o poco. “No obstante, habiendo secuenciado un porcentaje tan bajo no da la seguridad de tener claridad de las cepas o mutaciones que pueden estar circulando en el país”.

Miguel Allende, director del Centro de Regulación del Genoma del Programa Fondap y parte del equipo del Consorcio Genomas CoV2 (CGC) coordinado por el Ministerio de Ciencia, cree que esta cantidad de secuenciación es baja. En la práctica, solo el ISP está realizando estos análisis, el trabajo con el consorcio y las universidades ha sido lento, reconoce.

Hay equipos y profesionales para que las secuenciaciones se puedan hacer en todas las regiones del país, pero faltarían recursos y voluntad. Allende recuerda que al inicio de la pandemia ocurrió algo similar con los diagnósticos de PCR: era el ISP el que hacía la mayoría, pero luego se implementó un sistema que sumó más laboratorios y se logró trabajar en red con las universidades para ampliar la capacidad.

“Con el número de secuencias que tenemos, no hay ninguna posibilidad de evaluar la prevalencia de las variantes en Chile, sabemos que están, pero no sabemos cuán abundantes son. Con este nivel de análisis de muestras, no se puede decir que no hay transmisión comunitaria. Está bien hacer controles en el aeropuerto, pero se tiene que complementar con análisis de muestras aleatorias y en todo el país, no solo en los lugares o a personas en las que se sospecha”, insiste Allende.

Respecto del aumento actual de casos, el director del Centro de Regulación del Genoma del Programa Fondap dice que puede deberse al comportamiento de las personas, la relajación de medidas, pero también puede ser que la circulación de variantes lo explique.

El ministro de Ciencia, Tecnología, Conocimiento e Innovación, Andrés Couve, señala que ayer tuvieron la tercera reunión de este esfuerzo en el que estamos trabajando con investigadores del Consorcio Genomas CoV2, la Sociedad Chilena de Genética, investigadores e investigadoras de universidades de la Región Metropolitana y regionales, el ISP y Minsal.

“Hemos comenzado un trabajo de coordinación entre el sector público y la academia para complementar la capacidad de secuenciación génica que tiene hoy el ISP y para agregar valor al proceso mediante el establecimiento de estándares, el levantamiento de capacidades a nivel nacional, el análisis y la gestión de convenios con universidades”, explica.

El objetivo, dice Couve, es aumentar nuestra capacidad de secuenciación que hoy es de un 0,12% y acercarnos -mediante una estrategia que establecerá Minsal- a países como Estados Unidos que está a un nivel de un 0,49%. En cuanto a referentes, estamos estudiando el modelo de Reino Unido que se desprende por lejos de la norma de otros países con un 6% de capacidad de secuenciación.

La infectóloga del Hospital Clínico de la Universidad de Chile y coordinadora del Consejo Asesor de Vacuna e Inmunización (Cavei), Jeannette Dabanch, cree que las cepas de preocupación ya están circulando en el país. “No hacemos estudios de secuenciación comunitarios, yo creo que ya están en Chile. Estas variantes son altamente transmisibles y son más graves que las otras que teníamos, son más graves, producen reinfección, pueden infectar a personas que ya se habían contagiado antes con otras cepas. El virus se las ha arreglado para seguir haciéndonos difícil la tarea”, señala.

Para esta especialista, las secuenciaciones que se realizan no son suficientes y se requiere el apoyo urgente en recursos para que el ISP puede aumentar la cantidad de análisis que realiza ya que son ellos los encargados de la vigilancia.

A juicio de Dabanch, la vigilancia y secuenciación de muestras de pasajeros que llegan al país a través del aeropuerto no es suficiente y no sirve si no se hacen análisis de genoma a las muestras de la población general. “Hay que hacer más búsqueda activa y no solo asociadas a caso”.

Hacer más secuenciación de virus no es una tarea sencilla. Se requiere más equipos y personas capaces de hacer los análisis, porque la máquina -que cuesta varias decenas de millones de pesos- no es solución por sí sola, dice Vivian Luchsinger, viróloga e investigadora del Instituto de Ciencias Biomédicas (ICBM) de la Facultad de Medicina de la Universidad de Chile.

Además, explica que es probable que todas estas variantes de preocupación circulen en algún momento en el país. “La P.1 es más transmisible y según lo último publicado, la respuesta inmune a la vacuna podría no ser tan eficaz, eso es un problema”, dice. Respecto de la variante sudafricana, la investigadora indica que los virus viajan con las personas y en esa lógica el mayor riesgo está con la variante de Brasil y la del Reino Unido.

Pero el peligro, puede estar aún más cerca, al interior del país. “El virus varía tanto que los cambios pueden ocurrir en Chile o en países cercanos, en cualquier parte del mundo. En cada replicación del virus, pueden ocurrir mutaciones. Mientras más infecciones, tenga un país o una comunidad, más posibilidades hay de que surjan nuevas variantes”, dice Luchsinger.

Javier Tinoco, infectólogo de Clínica Universidad de los Andes,, señala que claramente mientras sigan las fronteras abiertas y se permitan los viajes al exterior y el ingreso al país, hay más riesgo de presentar casos de variantes calificadas como de preocupación por la Organización Mundial de la Salud (OMS). Lo más importante, dice, es que quienes ingresen al país sigan un protocolo independiente de la nacionalidad y guarden cuarentena cuando lleguen.

“Tenemos más conexiones con Brasil y el Reino Unido que con Sudáfrica, pero basta un solo caso y esos es suficiente para que comience a circular. Por eso, la alerta debe ser permanente. Las tres variantes (británica, amazónica y sudafricana) pueden producir más casos, casos más graves y sobrecarga hospitalaria”, indica Tinoco.