Nueve inéditas mutaciones no detectadas en ninguna parte del mundo potencian variante del Sars-CoV-2 que circula en Magallanes y que explicarían alto número de casos

Durante toda la pandemia que Covid-19,, la Región de Magallanes ha presentado un alto índice de casos.

En el informe que entregó hoy el Ministerio de Salud, nuevamente registra el índice de incidencia más alto a nivel país por 100 mil habitantes (49,9). El 30 de septiembre, fue su máximo con 122 casos por cada 100 mil habitantes, una cifra récord.

A la fecha, Magallanes acumula 26.643 casos acumulados (cerca del 17% de la población total), 627 casos activos y 383 personas fallecidas.

Esta semana, un estudio publicado en la revista Viruses (Editorial MDPI), entregó algunas pistas. Tras secuenciar completamente alrededor de 300 muestras positivas de Covid-19 de pacientes de la región, un equipo de investigadores principalmente de la Universidad de Magallanes, logró determinar los cambios o mutaciones que estaba sufriendo el virus Sars-CoV-2 que estaba circulando hasta diciembre del año pasado, fecha en la que por falta de recursos, dejaron de hacer estos análisis genómicos.

Marcelo Navarrete, director médico del Laboratorio Covid-19 de la Universidad de Magallanes y líder del estudio, señala que encontraron un haplotipo del virus Sars-CoV-2, con nueve mutaciones, incluida la doble mutación D614G / T307I de la proteína Spike o S. En términos más simples, una variante del virus que produce Covid-19 que tiene un set particular de mutaciones, entre ellas, una que potencia a la variante D614G, que llegó a Chile desde Europa y que fue una de las primeras variantes del virus que logró desplazar al virus original (Wuhan) y que predominó por meses en buena parte del mundo.

Esta variante, con mutaciones en el extremo de la proteína S que es la que se adhiere a la célula humana para luego infectarla, fue la que más se extendió en el país, pero cuando llegó a Magallanes, cambió y sufrió nuevas mutaciones.

Según el documento, esta variante se expandió y reemplazó completamente los linajes anteriores en un corto período en la Región subantártica de Magallanes, en el sur de Chile y es precisamente este cambio de linaje el que estuvo acompañado por un aumento significativo de casos en el invierno del año pasado, pero a poco andar, en agosto del año pasado, los casos nuevos se dispararon.

En las secuenciaciones que realizaron los científicos encontraron nueve mutaciones nuevas y entre ellas una denomina T307I que aunque no está en el extremo de la proteína S, termina por potenciar la mutación D614G (efecto sinérgico) y en la práctica, hacer que esa variante del virus sea más contagiosa.

“A principios de la segunda ola, el año pasado, el aumento de casos coincidió con la aparición de una variante que no existe en ninguna otra parte, no se ha descrito el mismo conjunto de mutaciones en ningún otro lugar y que explicaría el alto número de casos tuvimos en agosto y septiembre. Pero esta variante se limitó a la región, no pasó a ser una variante de preocupación, sino solo de interés”, indica Navarrete.

La proteína S es clave. Se trata de una proteína de gran tamaño. La mayoría de las investigaciones se centra en el extremo que se adhiere a la celula humana, pero es toda la estructura la que se puede relacionar con la contagiosidad o la eficacia en la unión con la célula. “Lo que ocurre más abajo también importa. La mutación que encontramos (307) está más en sector de la articulación de la proteína pero potencia a la mutación 614″, señala el investigador responsable del estudio.

Rodrigo Muñoz, infectólogo del Hospital Clínico de Magallanes y parte del equipo investigador, señala que la región puede considerarse una isla, por la lejanía y como se cerró precozmente y las personas que llegaban podían hacerlo si tenían un examen PCR negativo, se podía estudiar como en un laboratorio y así saber qué pasaba con la circulación del virus.

“En la segunda ola que tuvimos, en el invierno pasado, vimos que la variante que teníamos no estaba en la plataforma Gisaid y no estaba en ninguna parte. Lo que está ocurriendo ahora, en esta tercera ola, no sabemos a qué se debe porque dejamos de hacer secuenciaciones”, explica Muñoz. Es probable, agrega, que se deba a la variante P1 o brasilera.

En todo este tiempo, no han habido diferencias en los signos clínicos de la enfermedad que presentan las personas contagiadas que llegan al hospital. La letalidad, también ha sido similar. La única difrencia que han visto, dice Muñoz, es que esta tercera ola está afectando más a la población joven igual que en el resto del país, lo que puede tener relación con el programa de vacunación.

Navarrete prefiere no entrar en esa discusión. Como el tema de la nomenclatura es controversial como quedó demostrado cuando se habló de la “variante andina” o “variante chilena” y al otro día el Instituto de Salud Pública (ISP) lo descartó, los investigadores prefieron utilizar la terminología clásica y por eso prefieren hablar de un haplotipo en particular, como una nueva variente con un determinado set de mutaciones. “Si se transforma en un nuevo linaje, el tiempo lo dira”, dice Navarrete.

Lo que sí está claro es que el virus que circuló a finales del año pasado en la Región de Magallanes tenía cambios que le otorgaron cambios funcionales que fueron ventajos para él y que le permitieron en algún momento desplazar a cualqueir otra variante. “Hubo un momento en que todas las secuenciaciones que hacíamos aparecía las mismas mutaciones, no circulaba otra variante con otras mutaciones”, reconoce el investigador principal. La aseveración definitiva vendrá con el tiempo, “pero todo indica que favorece su propagación, eso muestran nuestros datos”.

Muñoz agrega que saben por qué no se han detecto este mismo conjunto de mutaciones en otras partes del mundo. “Nos damos cuenta que estos cambios se dan a nivel local, no podemos explicarlo bien, pero ha ocurrido también en otras pares como en California. También tuvieron una nueva variante que se mantuvo allí, no se expandió en otra parte”.

Son varias las razones que podrían explicar por qué surgen estas mutaciones específicas en el virus que circular en el extremo sur del país.

Algunos han hablado de la falta de vitamina D de la población, una vitamina que se ha demostrado está relacionada con la modulación del sistema inmune e incluso se ha mencionado que también podría estar relacionado con el consumo de alcohol.

“También puede ser el clima. En general, las personas cierran todo, se prende la calefacción, hay poca ventilación. La vitamina D, más que con el contagio podría relacionarse con la inmunomodulación. Pero algo debe haber que permite al virus mutar y propagarse más eficientemente”, enfatiza.

Las mismas mutaciones las han visto en la ciudad argentina Ushuaia, muy cerca de Magallanes. También hay una secuenciación igual en Santiago, pero no se puede descartar que aquella sea la de un paciente que haya sido traslado a algún hospital de la capital porque no habían camas en Punta Arenas.