Seis meses de secuenciación de muestras en Chile: ¿Cuánto ha cambiado el coronavirus tras irrupción de nuevas variantes?

Ya lo adelantaba el Informe Epidemiológico Circulación de Variantes Sars-CoV-2 en Chile publicado el 15 de mayo pasado: la variante brasileña (P.1 o Gamma como la bautizó la OMS) y la andina (C.37), eran las predominantes entonces y lo siguen siendo un mes después.

La actualización de este informe elaborado por el Departamento de Epidemiología del Ministerio de Salud y publicado este domingo, muestra que el 62% de las 2.811 muestras del nuevo coronavirus Sars-CoV-2 secuenciadas entre diciembre del año pasado y el 11 de junio, son estas dos variantes: 37,4% (1.051 muestras) de P.1 y 25% (700 muestras) de C.37. La variante británica (B.1.1.7 o Alfa según OMS), representa el 9,2% de las muestras secuenciadas (258).

Rafael Medina, virólogo y profesor asociado del Departamento de Enfermedades Infecciosas e Inmunología Pediátrico de la U. Católica, indica que con seis meses de secuenciación, ya se puede tener una visión clara que lo ha estado ocurriendo con las variantes en el país y cómo han ido cambiando desde que se inició la pandemia.

“En el gráfico se puede ver que la variante B.1.1.7 ha disminuido mientras que la variante P.1 aumentó exponecialmente. La C.37, se está estabilizando. Son datos robustos pero podrán cambiar si ingresa otra variante. Se representan seis meses de historia y nos da cuenta de lo que está pasando”, dice.

En el análisis que realiza el virólogo de la UC, explica que si la variante británica redujo su circulación, lo que indica que probablemente no es capaz de competir con P.1 y C.37. “También es interesante ver que si C.37 es capaz de competirle a la variante británica que era bastante transmisible, quizás tenga algo que le permita permanecer a través del tiempo, ahora se ve como un bloque, con una leve tendencia a la baja, pero en las secuenciaciones que hacemos nosotros, cada semana se mantiene representando entre un 25% y un 30% de las muestras, no ha seguido aumentando”, señala.

La que sí sigue aumentando es la variante brasileña, variante que se sigue instalando en la población y que se sabe es más contagiosa. Respecto de la variante B.1.1.348, Medina señala que es “bien particular” y sin un patrón muy claro, lo cierto es que ahora está disminuyendo.

Ricardo Soto-Rifo investigador del Laboratorio de Virología Molecular del Programa de Virología del Instituto de Ciencias Biomédicas, de la Facultad de Medicina de la Universidad de Chile (ICBM), señala que no hay mucha diferencia en la circulación en los últimos dos meses y los dos linajes que predominan lograron desplazar a todos los otros.

Además, insiste en que es necesario seguir haciendo secuenciaciones y ojalá en todo el país porque es probable que exista un sesgo de muestreo si la mayoría de las muestras son de la Región Metropolitana y menos de las otras regiones. “Este tipo de examen depende mucho de la calidad de la muestra. Pueden llegar desde regiones para que se hagan acá en Santiago, pero si la muestra no llega bien, no sirve. Para tener un panorama más acabado, se requiere que otros laboratorios, además del ISP y en regiones, puedan hacer secuenciación”, indica Soto-Rifo.

En la Universidad Católica han secuenciado muestras de pacientes hospitalizados por Covid-19. ¿Qué han encontrado? Entre estos pacientes, hay una proporción similar de casos a la circulación que indica la frecuencia de variante en circulación. “Es difícil entender si es la variante la que está causando mas enfermedad o si tiene relación con la gran cantidad de casos que hace que aumenten los casos graves”, dice Medina.

Probablemente, agrega, P.1 sea más contagioasa porque tiene mayor capacidad de replicar en nariz y garganta por lo que carga viral en estas zonas, hace que más gente se contagie.

En la Unidad de Cuidados Intensivos del Hospital Clínico de la UC también hicieron secuenciación de muestras de pacientes y tampoco hay diferencias entre personas que enfermaron con P.1 y con otras variantes. “No hemos visto que causen casos más graves, con más síntomas o más inflamación. Pareciera que las nuevas variantes no tienen una manifestación clínica distinta entre los pacientes que llegan a UCI”, insiste el virólogo UC. “Habría que ver en las personas que no llegan a necesitar hospitalización o en aquellos que se hospitalizan con soporte ventilatorio pero no invasivo. Si se comparan los parámetros clínicos, no hay diferencia entre los casos actuales y los de la primera ola, cuando no habían variantes”.

Lo que sí ha cambiado, reconoce Medina es el grupo de gente afectada: hoy son personas más jóvenes, no vacunadas y obesas.

La misma apreciación tiene Javier Tinoco, infectólogo de Clínica Universidad de los Andes. A la hora de comparar los casos graves de Covid de la primera ola (cuando primaba la variante G614 y no existían ni P.1 ni C.37) y la situación actual, señala que “los cuadros clínicos son parecidos, aunque ha cambiado es la características epidemiológicas de los pacientes que ahora son más jóvenes con pocos factores de riesgo o ninguno”.

En la primera ola se sabía que de todos los contagiados, el 80% presentaba pocos síntomas (o no presentaba), por lo que pasaba la enfermedad en su casa. El 15%, requería atención médica y apoyo de oxígeno o cánulas de alto flujo y ventilación no invasiva, mientras el otro 5%, requeria ventilación invasiva (intubación). “Esta proporción se ha mantenido igual, lo que pasa es que ahora son muchos los contagiados, por lo que aumentan los casos graves. Esta segunda ola ha sido más grande y ha durado más en el tiempo”, explica Tinoco.

Una diferencia, que sí nota el infectólogo de Clínica U. Andes es la dismiución de la mortalidad a causa de esta enfermedad. “El número de muertes en la segunda ola respecto del número total de contagios y casos graves es menor porque hoy tenemos más conocimiento, y el manejo tiene mejor resultado. Se les da soporte de oxígeno antes, el uso de corticoides es casi desde el primer día, entonces sabemos mejor qué funciona y que no”.

La jefa de infectología de Clínica Alemana, Inia Pérez, cree que sí hay cambios en los cuadros clínicos de Covid-19. Advirtiendo que se trata de una apreciación porque aún no existe elementos que demuestren que el cambio se deba a las nuevas variantes, la especialista señala que hoy existen cuadros más graves, sobre todo en personas más jóvenes.

“No podemos atribuirlo a las nuevas variantes, pero sí estamos viendo un cambio en la presentación. No tenemos un reporte de cuántos casos de los pacientes que están en UCI se infectaron con una variante y cuántos no. Antes sabíamos que los jóvenes no enfermarían gravemente, pero no es lo que estamos viendo”, indica.

Aunque también advierte que estos casos pueden explicarse por la vacunación en los mayores y el gran número de contagios, insiste en que los jóvenes llegan muy grave.

“Es difícil decir que la proporción 80, 15 y 5 se mantiene porque la población es distinta. En la primera ola, un porcentaje no menor de los que fallecían eran personas mayores, con varias comorbilidades y no todos podían ser ventilados, en algnos se hacía un manejo más conservador. Eso hoy no ocurre, como son más jóvenes, todos se pueden beneficiar y eso hace que el sistema de salud se vea más estresado”, explica Pérez.

En lo que sí está de acuerdo los investigadores es que tarde o temprano, la variante india (B.1.617) o Delta (según la OMS) ingresará a nuestro país. Según el informe del Minsal, esta variante aún no es detectada y evitarla es también una de las razones por las que se extendió el cierre de fronteras.

Consultado Fernando Valiente, investigador del ICBM, respecto si es posible que esta variante llegue al país, plantea la pregunta al revés “¿Y por qué no?”. “Por eso es importante estar vigilando los puntos de entrada a nuestro país, en tierra, aire y mar. Se debe reforzar la vigilancia genomica de SARS-CoV-2 para generar datos e información actualizada sobre las variantes circulantes y el seguimiento de aquellas que pueden ser de interes para la salud pública”.

“La variante india es la variante con la que más cuidado hay que tener en este minuto. En el Reino Unido, incluso donde hay un gran número de vacunados, se han visto más contagios y al parecer, es un poco más fuerte que los anticuerpos creados por las vacunas y las infecciones por que lo podría evadir la respuesta del sistema inmune”, señala Medina.

La clave, está en la vacunación: “mientras más inmunidad logremos, cualquier variante que ingrese podría tener un menor impacto”, insiste el virólogo de la UC.

Soto-Rifo agrega que es muy difícil que no llegue esta variante a Chile, sobre todo porque ya se ha detectado en Perú y Argentina. “Hay que vacunar y hacer más secuenciación y compartir esa información. Es muy complejo mantenernos aislados de Delta si no se cierran 100% las fronteras.

El nuevo linaje, reconocido como variante C.37 y nombrado comúnmente como “variante andina” se detectó por primera vez en Chile en febrero de este año y entonces representaba 4,7% respecto del total de secuenciaciones realizadas ese mes; en marzo ya era el 28,7% y en abril el 34% del total de muestras secuenciadas. En mayo llegó al 27% y, ahora en junio, se estabilizó en el 25%.

Los primeros casos de C.37, según el documento del Minsal, se presentaron a mediados de febrero en las regiones de Coquimbo y Metropolitana.