La fundación Cree se originó en 2013, cuando cuatro profesionales que habían trabajado como profesores para Enseña Chile decidieron formar un colegio. Luego de cuatro años, donde se dedicaron a juntar los fondos y capacitarse sobre los colegios KIPP —red de colegios fundados por ex profesores de Teach For America que reciben, en su mayoría, alumnos de excelencia de minorías étnicas—, con el ingeniero civil Juan Paulo Sánchez como director, se inaugura este colegio particular subvencionado que, según sus fundadores, casi se queda sin funcionar por la reforma educacional.
Cree Cerro Navia dispuso de 280 cupos de prekínder a segundo básico, que ya están ocupados.