Militante desde los 18 años en la Democracia Cristiana, Mario Fernández Baeza acompañó a la ex presidenta Michelle Bachelet como ministro del Interior y jefe de gabinete tras la renuncia del también militante DC Jorge Burgos, cargo que asumió a mediados de 2016 y en el que permaneció hasta el pasado 11 de marzo de este año.

Ya sin cargo de figuración pública, y cultivando el bajo perfil que lo caracteriza, el también conocido como "Peta" Fernández volvió a clases. Esto, porque retomó sus actividades académicas como profesor de la Facultad de Derecho de la Universidad de Chile, específicamente en el departamento de Derecho Público, y también como académico del Instituto de Ciencia Política de la Pontificia Universidad Católica de Chile, con especialización en instituciones políticas y derecho constitucional, desarrollo político de Chile y sistemas electorales.

Estas actividades las desarrolla junto con retomar el ejercicio de su profesión de abogado especializado en Derecho Constitucional, tarea que conoce muy bien, ya que formó parte, entre 2006 y 2011, del Tribunal Constitucional, instancia a la que fue propuesto por el ex presidente Ricardo Lagos y  ratificado por el Senado.